подробное описание этапов работ по укладке плитки на стену

Укладка плитки состоит из нескольких основных этапов это подготовка стены к укладке плитки, разметка стены и установка базовых планок, укладка первого ряда, укладка последующих рядов, затирка плитки.

Подготовка стены к укладке плитки

Хорошо известно, что проще укладывать плитку на ровную стену, да и качество укладки получается очень высоким. Поэтому наиболее трудоемкий этап для укладки плитки это предварительное выравнивание стены. Сделать это можно различными способами например штукатуркой или гипсокартоном.

Если вы обладатель ровной стены, то необходимо обратить внимание на такие мелкие дефекты как отслаивающаяся штукатурка, ее необходимо удалить. Так же необходимо срубить все возможные бугры, которые могли остаться от шпаклевки и штукатурки. Также необходимо в случае если имеется, удалить старое покрытие стены, например краску и пр.

Разметка стены и установка базовых планок

По технологии укладки плитки, плитку класть начинают со второго ряда, поэтому необходимо сделать специальную базу для его укладки.

Обычно в качестве базы используют деревянный брусок, реже профиль от гипсокартона. У бруска конечно есть недостатки, главный это неровность, но его можно выровнять или просто постараться подобрать ровный брусок. У профиля недостаток более существенный, профиль от гипсокартона может изгибаться. Это обстоятельство ухудшает качество укладки особенно при большой толщине слоя клея, что часто бывает при укладке на не ровную стену.

Установочная планка закрепляется к стене по периметру всего помещения. Таким образом плитку можно уложить ровно. Главное в этом деле обратить внимание на то, чтобы планка стояла строго горизонтально. Удобно это проверять с помощью лазерного уровня.

На этом же этапе делают разметку укладки плитки, т.е. определяют с какого места будет начинаться укладка и порядок укладки. Обычно начинают либо от двери, либо с самого видного угла, при этом стараются так, чтобы в этом месте встала целая плитка, а не кусок.

Укладка первого ряда

Укладка первого ряда это самый ответственный этап в кладке плитки. От качества укладки первого ряда зависит и качество укладки последующих рядов. Поэтому на первый ряд тратиться всегда больше всего времени.

При укладке первого ряда следует следить за зазорами между плиткой и выравнивать их при помощи крестиков. Так же необходимо уделять внимание верхнему краю плитки вся плитка должна стоять строго по одной линии. К сожалению качественно выставленная база не всегда спасает в этой ситуации, благодаря локальным дефектам планки.

На этом же этапе происходит закладка уголков сопряжения плитки как на внутренних, так и на внешних углах стен.

После того как первый ряд уложен следует прервать укладку плитки до следующего дня, чтобы первый ряд хорошо застыл.

Укладка последующих рядов

Укладка последующих рядов идет значительно быстрее, т.к. они выравниваются относительно первого ряда. Особенно это происходит тогда, когда первый ряд уложен идеально.

При укладке остальных рядов особое внимание необходимо уделять вертикальности положения плитки.

Это необходимо чтобы исключить наклон одной плитки относительно другой и тем самым в конечном итоге не получить стену волнами. Сделать это проще всего уровнем, который перекрывает два и более рядов плитки. Уровень не только должен ложится строго вертикально, но и по всей своей длине не иметь зазора между своим основанием и плиткой.

На этом этапе также следует избегать попадания клея в зазоры между плитками, т.к. они будут в дальнейшем мешать затирке.

Затирка плитки

Затирку плитки это завершающий этап укладки. Затирку настенной плитки в большинстве случаев выполняют специальными составами на гипсовой основе. Для того чтобы сделать затирку, разводят сухую смесь до состояния пасты напоминающей консистенцию сметана. Далее эту пасту наносят на швы, и заполняют их.

Порядок укладки плитки в ванной комнате: пол или стены

Существует большое количество отделочных материалов, которые могут использоваться в условиях повышенной влажности, но кафель всегда занимал лидирующие позиции. Этот материал не относится к категории дешевых, некоторые коллекционные изделия и вовсе стоят огромных денег, но такая отделка оправдана и окупает себя полностью, так как выполняется на долгие годы. Качество ремонта зависит не только от правильно выбранного материала, важно соблюдать порядок укладки плитки в ванной комнате и все технологические нюансы.

Порядок укладки плитки в ванной комнате: пол или стены

Кратко о преимуществах кафельной плитки для отделки ванной

Преимущества использования кафеля в помещениях с повышенной влажностью очевидны и бесспорны. Материал обладает следующими положительными свойствами:

1. Влагоустойчивостью. Кафель абсолютно не боится воздействия влаги, жидкость скатывается с глазурованной поверхности, не проникая в ее структуру.
2. Гигиеничностью. Облицованные кафелем поверхности просты в уходе, что позволяет поддерживать помещение ванной в чистоте, не прилагая особых усилий.
3. Прочностью. Повредить кафельную плитку довольно сложно, но следует помнить, что материал по твердости и прочности отличается в зависимости от назначения – для пола или стен. Об этом говорит соответствующая маркировка.
4. Огнеупорностью. Кафель не горит, не плавится, не поддерживает и не распространяет огонь.
5. Кафельную плитку в интерьере ванной можно успешно комбинировать с другими отделочными материалами – стеклянными дверцами душевой кабины, металлическими и пластиковыми поверхностями.
6. Широкий ассортимент предлагаемых расцветок, форм и фактур керамики позволяет без проблем подобрать материал для отдельно взятого дизайнерского решения.

Комбинирование мозаики и крупных фрагментов облицовки

С помощью правильно подобранного оттенка, фактуры и способа раскладки (шахматный, диагональный порядок) можно визуально скорректировать геометрию пространства ванной комнаты.

Важно! При покупке кафеля рекомендуется брать его с некоторым запасом, так как в разных партиях оттенок одной и той же плитки может отличаться.

Калькулятор расчета количества плитки для отделки ванной комнаты ищите в специальной статье.

Из нюансов использования керамики можно отметить следующее:

1. Довольно высокой стоимостью обладают изделия ведущих зарубежных производителей. Однако можно подобрать материал достойного качества и невысокой стоимости от российских изготовителей.
2. При падении на облицовку острого тяжелого предмета, типа молотка, можно легко повредить ее целостность.
3. Для качественной укладки керамики необходимо обладать специальными навыками или обращаться к услугам мастеров.

Разнообразие оттенков и фактур керамики

На что обратить внимание при выборе

Длительность и качество эксплуатации керамики в ванной комнате зависит от правильно выбранного материала. При выборе материала внимание обращают на следующие критерии:

1. По влагостойкости керамика делится на 8 групп и не все из них обладают достаточной устойчивостью к влаге, чтобы использоваться в ванной комнате. Поэтому необходимо внимательно смотреть на информацию, предоставленную на ценнике или упаковке, где указан класс влагостойкости.

Таблица 1. Уровни влагостойкости

Группа	Уровень водопоглощения	Применение
А1 , В1	не более 3%	Для помещений с высоким уровнем влажности
А2а, В2а (АIIа, ВIIа)	от 3% до 6 %	Для наружных работ
А2b, B2b (АIIb, ВIIb)	0.1	Для помещений с невысоким уровнем влажности

Кафельная облицовка из указанных в таблице трех групп лучше всего подходит для облицовки поверхностей в санузле.

2. Важным критерием является стойкость к истирающим нагрузкам. Этот фактор учитывают при выборе напольной плитки. Из 5 существующих классов для создания напольного покрытия в ванной подходит материал, принадлежащий ко 2 и 3 классам прочности.

К 1 классу относятся слишком «мягкие» изделия, пригодные для отделки потолков и стен, а к 4 и 5 классам относится особо прочный кафель для помещений с большой проходимостью – приобретать его не целесообразно из-за высокой стоимости.

Маркировка на упаковке подскажет, какой материал выбрать

3. При выборе важно внимательно изучить маркировку, которая говорит о назначении материала. Настенную плитку символизирует пиктограмма с изображением ладони, а напольную – ступни. Стеновой и напольный материал отличается толщиной. Так, для пола он имеет толщину около 9 мм.

4. Важным критерием является уровень противостояния скольжению напольного покрытия. Шероховатая поверхность безопаснее, чем глянцевая.

5. Обратить внимание следует на форму и размер изделий. Прямоугольник и квадрат – наиболее распространенные формы. Ходовым размером являются 10 х 10 см и 15 х 15 см, прямоугольная плитка 20 х 30 см. Чем больше размер изделия, тем меньше швов. Однако стоит учитывать площадь ванной – такая облицовка подойдет для просторных и средних помещений. В маленькой ванной, чтобы визуально расширить пространство, рекомендованы элементы небольшого размера или мозаика.

6. Не менее важно правильно подобрать внешний вид и оттенок кафеля:

• в качестве базового цвета рекомендуется выбирать пастельные голубые, бежевые, салатные тона. Яркие оттенки можно использовать для создания акцентов;
• чтобы интерьер не был слишком пестрым и утомляющим, рекомендуется использовать для его оформления не более 2-3 оттенков;
• от контрастных решений лучше отказаться и подобрать оттенки, расположенные рядом в цветовом круге.

Кафельная плитка для стен

Самый главный критерий, который необходимо учесть при выборе настенной облицовки – это ее размер. От этого параметра напрямую зависит то, как будет восприниматься площадь ванной – станет ли она зрительно просторнее и светлее или наоборот, превратится в неуютное, тесное помещение. Условно кафель для облицовки стен в ванной можно разделить на 4 категории.

Таблица 2. Категории кафеля для облицовки стен в ванной

Иллюстрация	Категория и размер	Описание
	Мозаичная. От 1 х 1 см до 5 х 5 см	Для качественной укладки потребуется наличие профессиональных навыков – процесс этот трудоемкий, требующий сноровки и внимательности. Выпускается мозаика в виде панно на сетчатой основе, что делает процесс ее укладки проще и быстрее.
	Мелкая. От 6 х 6 см до 20 х 20 см квадратной формы и прямоугольные с одной из сторон не превышающей 30 см	В средних и маленьких помещениях рекомендуется использовать мелкую плитку, а в просторных – комбинировать мозаику и мелко-форматные изделия с более крупными фрагментами. Мелкая облицовка менее всего требовательна к наличию идеально ровного основания, она позволяет отделывать криволинейные поверхности, закругления, ниши, выступы, арки. Из недостатков отмечают трудоемкость процесса укладки, большой расход затирочной смеси, требования к ровности швов, уменьшение степени гидроизоляции поверхности стены из-за большого количества стыков, требовательный уход.
	Средняя. От 20 х 20 см до 30 х 30 см квадратной формы и прямоугольные с одной из сторон не превышающей 40 см. Распространены размеры 20 х 30, 25 х 30, 25 х 35 см.	Является универсальным решением для помещений любой площади. Требует тщательно выровненных поверхностей пола и стен перед укладкой. Из плюсов можно отметить оптимальное количество швов, удобный размер для укладки и транспортировки.
	Крупная. Одна из сторон превышает 40 см – 25 х 60, 30 х 90, 29 х 100 см.	Удачное решение для просторных помещений. Из плюсов отмечают минимальное количество швов, снижение трудозатратности и расхода затирки. Поверхность получается более защищенной от влаги, упрощен уход за плиткой и стыками. Из минусов отмечают обязательное наличие идеально ровного основания.

Важно! В просторной ванной одинаково хорошо будет смотреться как крупные элементы, так и мозаика. А вот для маленьких помещений рекомендована настенная отделка среднего размера не больше 20 х 30 см, напольная – 30 х 30 см.

В зависимости от выбранного способа укладки изделий можно получить тот или иной оптический эффект. Например, если длинную плитку уложить по горизонтали, то тесное помещение будет выглядеть просторнее. Скорректировать высоту потолка получится при вертикальной укладке элементов с таким же направлением рисунка.

Важно! Размер плитки напрямую связан со сложностью ее укладки, особенностями ухода за ней и расходом материалов.

Кафельная плитка для пола

Для оформления пола в ванной рекомендуется использовать плитку квадратной формы. Чаще на полу укладывают изделия по размерам, превышающие настенные. Наиболее распространены размеры 30 х 30 см и 35 х 35 см. Максимальным размером кафеля для пола в ванной является 60 х 60 см. Важную роль играет толщина изделий, если для настенных она составляет в среднем 6 мм, то облицовка для пола имеет толщину от 9 мм до 12 мм. Чем толще материал, тем она дороже.

Для устройства напольного покрытия плитку приобретают специально для этих целей изготовленную – она имеет соответствующую толщину и износостойкую лицевую поверхность. Этот материал должен соответствовать следующими эксплуатационным характеристикам:

1. Минимальным водопоглощением.
2. Устойчивостью к химически активным веществам и абразивным чистящим средствам. О степени устойчивости материала к химическим веществам скажет маркировка: АА – изделия с наивысшей устойчивостью, А и В – со средней, С и D – с низкой устойчивостью.
3. Напольное покрытие не должно скользить, даже если на его поверхности окажется вода. Этот критерий отражен пиктограммой с буквой R и цифрой, говорящей о степени противостояния поверхности скольжению. Безопасным является покрытия с цифрой не менее 9. Лицевой слой такой отделки – шероховатый.

Оригинальная фактура кафеля создает особый оптический эффект

Цены на напольную плитку «Таркетт»

Клеевые смеси и их применение

Успех ремонта, предполагающего отделку стен и пола ванной комнаты кафелем, во многом зависит от правильно подобранного клеевого состава. На строительном рынке они широким ассортиментом и различаются прочностью соединения, скоростью схватывания и назначением: для внутренних работ по отделке стен, для укладки облицовки на пол и для наружных работ.

Клей должен обладать высокой вязкостью и клеящей способностью, хорошей адгезией и приемлемым сроком застывания, которого должно хватать для качественной укладки и фиксации отделки.

Основные требования к плиточному клею

Так как ванна – это закрытое помещение с повышенным уровнем влажности и умеренной нагрузкой, то при выборе клея учитывают материал основания пола и стен, размер кафеля и тип пола – обычный или «теплый».

Сейчас на строительном рынке существует несколько разновидностей «теплых полов». Они отличаются видом теплоносителя и эффективностью работы. Как выбрать теплый пол под плитку? Расскажем в нашей статье.

В зависимости от состава, клей может быть:

• на цементной основе;
• дисперсионный;
• эпоксидный.

Цены на плиточный клей «Церезит»

На цементной основе

Этот вид клея является универсальным и недорогим. На 90% состоит из цемента и продается в виде сухой смеси. Разводится водой в пропорции 3:1, где на 1 часть воды приходится 3 части цемента. Такой раствор обладает отличной адгезией с бетонными и цементными основаниями.

Процесс приготовления клея

Дисперсионный клей

Такой клеевой состав имеет высокую адгезию при работе с гипсокартоном, а для бетонных оснований он противопоказан. В его состав входят акрил, вяжущие добавки и искусственные смолы. Продается в готовом к использованию виде – упакован в пластиковые ведра или банки. Это имеет свои плюсы:

1. Нет необходимости тратить время на приготовление раствора.
2. Степень загрязненности строительной площадки снижена.
3. Рабочая консистенция раствора определена производителем, поэтому исключается вариант приготовления некачественного раствора и перерасход компонентов.

В составе дисперсионного клея не содержатся растворители, а интервал для приклеивания составляет около 40 минут. С помощью этого клея облицовку можно укладывать поверх старой, работать с окрашенными и цементными поверхностями, гипсокартоном и фанерой.

Эпоксидный клей

Эпоксидный клей является двухкомпонентным составом, который делится на текучий раствор и пасту с наполнителем минерального происхождения. Отлично показывает себя в работе с любыми поверхностями: деревом, фанерой, бетоном, металлом.

Важно! Существует прямая зависимость между вязкостью клея и размером кафеля. Чем она крупнее, тем выше должна быть вязкость клеевого состава.

На усиление адгезии влияет наличие кварцевого песка и жидких латексных компонентов в составе клея. Что касается напольной плитки, то для нее выбирается клей с высокой степенью эластичности. Если облицовка укладывается на «теплый» пол, в составе клея обязательно должны присутствовать пластификаторы.

Таблица 3. Наиболее популярные разновидности клеевых составов

В одной из статей рассмотрим, как выбрать клей для напольной плитки, чтобы получить качественное и долговечное покрытие и как рассчитать расход материала.

Какая затирка лучше для плитки в ванной

Укладка кафеля любого формата связана с образованием швов, которые является слабым местом облицованной влагостойкой поверхности. Швы, выполненные из некачественного затирочного материала в скором времени разрушаются, загрязняются, создают благоприятную среду для развития грибка и плесени. Выглядит это не эстетично и неопрятно.

Лучшим выбором для оформления швов станет влагостойкая затирка в виде цементной сухой смеси, двухкомпонентного эпоксидного состава или силиконовой:

1. Цементная влагостойкая затирка относится к разряду недорогих материалов, а потому довольно популярна. Помимо цемента в ее состав входят неорганические пигменты, пластификаторы и, улучшающие свойства смеси, добавки. Цементная затирка бывает двух видов – предназначенная для швов до5 мм и от 5 мм.

Из положительных качеств такой затирки отмечают простое приготовление и работу, морозостойкость и низкую стоимость. К недостаткам относится неустойчивость таких швов перед воздействием агрессивных жидкостей, чрезмерной влаги, механических повреждений и небольшой ассортимент оттенков.

2. Двухкомпонентный состав из эпоксидной смолы и отвердителя иногда комплектуется декоративным наполнителем для создания необходимого цвета затирки. Она имеет отличные эксплуатационные показатели и может применяться не только для ванных комнат, но и для кухонь, и напольных покрытий в системе «теплый пол». Состав имеет повышенную вязкость и позволяет получить ровные, эластичные швы.

Из плюсов отмечают отличную влагостойкость, устойчивость перед механическим воздействием и химическими реагентами, высокую прочность, биологическую пассивность, декоративность и долговечность. Из недостатков отмечают высокую стоимость материала.

3. Силиконовую водостойкую затирку характеризует способность к сжатию и растяжению, благодаря чему достигается гибкость и пластичность. Состав обладает высокой адгезией, влагостойкостью, прост в нанесении, имеет большое разнообразие оттенков. Из недостатков отмечают непродолжительный срок службы такого шва.

Нанесение защитного слоя на швы

Таблица 4. Наиболее популярные и проверенные затирочные смеси

Очередность работ

Укладка должна происходить по ровному основанию. Последовательность работ сводится к тому, что сначала необходимо убедиться, что пол и стены соответствуют условиям, при которых их можно облицовывать. Сначала укладывают напольное покрытие, затем приступают к облицовке стен. Особенность состоит в том, что укладка производится снизу вверх, начиная со второго ряда.

В случае, когда предстоит укладка бордюров, стены можно облицовывать вверх от этого элемента. На подготовительном этапе необходимо рассчитать количество материала. Для этого выполняют визуализацию раскладки в масштабе на листке бумаги или в специальной компьютерной программе. Приобретать плитку потребуется с запасом, составляющим 15% от общего количества материала.

Элементы облицовки, которые требуют подрезки, необходимо располагать в невидимых местах

С чего начать – пол или стены

Приступая к ремонту в ванной, многие задаются вопросом с чего начинать – с пола или стен. При отделке жилых помещений работы производятся с потолка, затем отделывают стены и только потом укладывают напольное покрытие. Однако в ванной этот принцип не работает.

Залогом качественной укладки плитки и получения ровной поверхности стен станет выставленный в уровень пол. Если пренебречь этим условием и начать работы с облицовки стен, то можно получить кривые плоскости, которые будет трудно состыковать с напольным покрытием.

Бывают исключения, когда пол неровный и приходится работать с тем, что есть. В этом случае можно найти самую высокую точку пола и ориентируясь на нее, с учетом клеевого состава, толщины напольной плитки и дистанционного шва, зафиксировать направляющий профиль. Укладка будет производиться со второго ряда, а напольное покрытие будет подгоняться под первый ряд.

Традиционная последовательность работ по укладке плитки в ванной комнате выглядит следующим образом:

1. Производят демонтаж старого покрытия со всех поверхностей помещения – потолка, стен и пола.
2. Мелкие дефекты заделывают при помощи акриловой шпаклевки. Стены выравнивают влагостойким бетоном, а пол – с помощью выравнивающей стяжки. Как правильно выровнять пол в ванной комнате, читайте тут.
3. На следующем этапе необходимо выполнить гидроизоляционные работы – стены обработать жидкими составами, а на полу использовать мастику или рулонный гидроизоляционный материал.
4. Производят укладку напольной плитки, с помощью длинного строительного уровня контролируя горизонтальную плоскость пола. Для уверенности в результате уровень можно прикладывать еще и по диагонали.
5. Когда швы просохнут, и по плитке можно будет ходить, ее закрывают защитным материалом и приступают к укладке плитки.

Важно! Уровень пола за счет толщины плитки и клеевого состава в среднем становится выше на 2-3 см. В этом заключается основная причина, почему укладку плитки в ванной следует начинать с пола.

Укладка плитки на пол в ванной

Подготовка помещения

Перед укладкой плитки важно проверить стены на перпендикулярность. При большом перепаде дефект стены будет виден. Поэтому не стоит экономить время и потратить его на тщательную подготовку стен, чтобы конечный результат не разочаровал. Существуют разные способы выравнивания стен. Самым быстрым является обшивка их гипсокартоном, но если помещение небольшое, то лучше выбрать традиционную штукатурку.

Таблица 5. Подготовительный этап

Перед укладкой облицовки на стены и пол необходимо разработать план раскладки основных элементов, расположения декоративных вставок, бордюра. Для этого можно выполнить эскиз на бумаге, а потом проработать его в масштабе.

Инструменты

Качественный ремонт в не меньшей мере зависит от используемого инструмента. Он должен ускорять и упрощать рабочий процесс, быть удобным и простым в использовании.

Таблица 6. Минимальный набор инструментов, который пригодится для укладки кафеля

2. Резиновый молоток должен весить не более 1кг. Для работы с тонкой облицовкой, чтобы не повредить ее при простукивании, на одну из сторон молотка можно приклеить кусок более мягкой резины, толщиной 1,5 см.

2. Электрическая переноска обеспечит доступ к электричеству в помещениях, где розетка не предусмотрена.

3. Валик потребуется для нанесения грунтовки на стену.

4. Скребок пригодится для удаления излишков клея из швов.

5. Дистанционные пластиковые крестики для формирования межплиточных швов.

2. Пузырьковый уровень. Лучше иметь два устройства – большой и маленький.

4. Правило (2,5 м и 1,5 м) потребуется для контроля, подготовки и выравнивания основания.

5. Лазерный уровень для разметки горизонтальных и вертикальных линий.

2. Терка-мочалка для быстрого удаления подсохшей затирки.

3. Терка с войлочным покрытием для удаления налета с поверхности стены после затирки;

4. Поролон для финишной шлифовки швов.

5. Пластиковая емкость для воды.

Отделка стен

Процесс укладки плитки на стены в ванной имеет свои нюансы, особенно в условиях не совсем ровного основания. Разобраться в основных моментах поможет подробный разбор методики и последовательности выполнения работ в условиях неровного пола. В этом случае укладка кафеля может производиться со стен.

Таблица 7. Процесс укладки плитки на стены

О том, как спрятать подрезы в углу с помощью ровного края плитки на прилегающей стене, не используя пластиковый уголок, расскажет следующая инструкция.

Таблица 8. Как спрятать подрезы?

В процессе работы потребуется выполнить подрезку плитки. Как это сделать, расскажет следующая инструкция.

Таблица 9. Подрезка плитки

Иллюстрация	Описание
	Сначала необходимо подставить плитку лицевой стороной.
	Затем плитку разворачивают и устанавливают, уперев в противоположную стену.
	Карандашом наносят отметку, учитывая зазор между отдельными элементами и зазор от стены.
	Плитку разрезают при помощи плиткореза.

Как облицевать неровную стену с использование маячковой плитки, расскажет следующая инструкция.

Таблица 10. Как облицевать неровную стену

Облицовка пола

Существует несколько способов укладки напольной плитки в ванной, в зависимости от главного ориентира:

1. Дальний видимый угол. Этот способ является традиционным. Укладку плитки начинают вести от угла, который расположен напротив стены с дверным проемом.
2. Порог. Укладка начинается с угла, расположенного на стене с дверным проемом. Этот способ для ванной комнаты является наиболее рациональным, чем первый, так как обычно в дальнем углу ванной устанавливается сантехническое оборудование.
3. Центральная метка. Этот метод подходит для просторных помещений, где сантехника и мебель расположены вдоль стен, а центральная часть помещения свободна. Чтобы определить центр комнаты, определяют центр для каждой стены. Место пересечения линий станет центром стыка четырех плиток – от него начинается укладка.

Таблица 11. Основные этапы и некоторые нюансы укладки напольной плитки

На высыхание фуги потребуется время. Если она выполнена на цементной основе, то в первые сутки швы лучше не беспокоить. Специальным защитным составом швы покрывают только через 2 недели.

Если хотите более подробно ознакомиться с принципами укладки плитки на пол в ванной комнате, читайте специальную статью.

Как сделать отверстие в плитке

В процессе работ по укладке плитки в ванной часто возникает необходимость в вырезании отверстий в плитке под трубы, розетки, слив для стиральной машины, для выхода унитаза, смесители и другие коммуникации. О том, как правильно это сделать расскажет следующая инструкция.

Таблица 12. Как сделать отверстие в плитке

Обработка швов

На завершающем этапе потребуется выполнить отделку межплиточных швов, чтобы ремонт в ванной выглядел завершенным, а стены приобрели дополнительную защиту от влаги в особо уязвимых местах. Условно швы, которые предстоит отделать защитным составом, подразделяются на три группы:

1. Межплиточные швы, которые образуются между отдельными элементами облицовки.
2. Шов между ванной и прилегающей стеной.
3. Шов между плиткой и плинтусом, бордюром или галтелью.

Таблица 13. Основные этапы и особенности заделки межплиточных швов в ванной

Какой ширины должны быть затирочные швы и насколько это важно, читайте здесь.

Важно соблюсти не только последовательность работ, но и выполнить качественно каждый этап, тогда результат будет радовать не один год.

Видео — Затирка швов после укладки плитки в ванной комнате

Антон Свистунов главный редактор

Автор публикации 16.05.2018

Понравилась статья?
Сохраните, чтобы не потерять!

Периодически каждый хозяин дома сталкивается с проблемой выхода из строя определенных устройств…

Вряд ли кого-то сегодня можно поразить стеклянными крышами и стенами. Но не…

Использование плитки в качестве материала для отделки поверхности пола на кухне —…

Еще с древних времен люди украшали помещения мозаикой, но даже сейчас, спустя…

Прихожая относится к помещениям с высокой проходимостью, а потому здесь требуется устойчивое…

Коль затевается ремонт в туалете или совмещенном санузле, то почти наверняка в…

Облицовка пола плиткой является не столь простым процессом, как может показаться со…

Если хочется уюта и комфорта в доме, то еще на этапе планирования…

Что ни говори, а ничего лучше плитки для кухни в качестве напольного…

Последовательность укладки тротуарной плитки

Производство тротуарной плитки можно считать одним из наиболее перспективных направлений ведения бизнеса. Связано это прежде всего с невысокой стоимостью сырья и самого производства, а также высокой функциональностью и прочностью готовых изделий, способных сохранять свои лучшие качества на протяжении десятков лет. Однако, одним из главных условий того, что этот строительный материал действительно окажется долговечным является правильный монтаж поверхности со строгим соблюдением всей технологической последовательности.

Существует несколько способов укладки плитки. Многое зависит от того, какая нагрузка предполагается на закрываемую поверхность. От этого зависит и последовательность подготовки грунта, и толщина подушки, на которую будет укладываться плитка.

Самостоятельная укладка плитки совсем несложна, и для этого изначально необходимо подготовить соответствующим образом грунт. Сначала делается разметка с учетом особенностей грунта и его характеристик.

Следующий этап, это подготовка поверхности. Если грунт достаточно плотный, слишком толстая подушка может не понадобиться, но в любом случае поверхность должна быть ровной. Если планируется установка бордюров, то это делается в первую очередь, а уже от них начинается монтаж плитки.

 Подушка для поверхностей, которые не будут испытывать большую нагрузку в процессе эксплуатации, делается из песка, в противном случае, для нее используется смесь щебня с песком. В некоторых ситуациях для того, чтобы придать основе особую прочность может использоваться арматурная сетка. Процесс укладки самой плитки занимает не так много времени, при этом зазор между рядами должен составлять порядка 5 миллиметров.

После окончания монтажа вся поверхность засыпается смесью цемента с песком и обильно заливается водой. Просушка производится на протяжении суток и после этого можно смело пользоваться покрытием.

РЕКОМЕНДУЕМ К ПРОЧТЕНИЮ:

Укладка плитки своими руками, инструкция

Керамическая плитка по традиции является самым надежным покрытием в комнатах с повышенной влажностью.

Рассматриваемый материал — это то, что надо для повышения долговечности или практичности отделочной поверхности пола санузла или кухни. Плитка противостоит губительному воздействию химически агрессивных веществ и влаги. Для проявления достоинств материала — ее должен укладывать человек с практикой.

Когда нарушать технологические указания во время проверки, то результатом станут: царапины, трещины, повреждения и сколы. Перепады высоты и многие другие показатели также стоит контролировать.

Укладка керамической плитки по нивелиру, своими руками

Технология кладки кафеля: тонкости и важные нюансы

Плиточники без стажа не в силе точно оценить уровень сложности действий. Точно рассмотрев очередность действий, можно повысить вероятность правильного выполнения поставленных задач.

Нужно ли производить работы по выравниванию и как точно их делать

Если есть на основании неровности — от дефектов нужно избавиться, так как на подготовленную поверхность (стен или пола) наносят одинаковую высоту клеевого состава.

Если же пол и стены кривые — при укладке клей ляжет не так, как нужно, возникает много пустот, в результате смонтированный кафель через определенный промежуток времени будет отрываться. Это больше касается половой плитки. Не советуют думать, что при уточнении уровня качества подготовленной основы можно опираться на визуальную оценку, это неправильно.

Как проверяют стены

Плоскость стен можно оценить известным на практике приспособлением, отвесом. Для проверки один конец веревки прикладывают к верхней части стены, а груз стоит опустить вниз, чтоб он был над полом 2-3 см.

В том случае, когда веревка разместится параллельно со стеной — никакого выравнивания не нужно делать (плоскость нормальная). По советам специалистов, нужно устанавливать метки во всех местах, где обнаружены дефекты. Так легче потом ориентироваться где и что ровнять. Подобные действия выполняют всегда, когда проверяются вертикальные плоскости.

Строительный отвес — простое, но при этом надежное и точное устройство

Главное правило, которое показывает, что рекомендуется осуществлять выравнивание перед укладкой плитки — большой зазор между стеной и нитью в местах измерения. Во время проверки советуют пользоваться рулеткой, чтоб измерять расстояние между нитью и стеной.

Основные действия при проверке пола

При проверке пола используют водяной или лазерный уровень. Такой инструмент, как водный уровень, на практике применяется чаще от всех остальных приспособлений. Его довольно просто сконструировать собственными силами, используя два шприца и капельницу. Можно взять и другой шланг, с диаметром больше 2-х мм.

Смотрите видео как сделать такой гидроуровень:

Если плитка укладывается в ванной, то при малых размерах помещения мастера прибегают к использованию двухметровых реечных уровней. Если кривизна есть, то работу по выравниванию начинают с установки покупных маяков. Расстояние, которое будет между ними, должно быть 0,5 м.

Когда маяков в наличии нет, то вместо них применяют остатки плитки или гипсокартонный профиль. Крепления рассматриваемых конструкций маяков монтируют с помощью гипсового раствора (сделать их можно по разному, есть также пример маяков из одного гипса, в видео ниже). Монтажные работы делают по всей поверхности санузла, где это нужно.

После схватывания — профили или маяки вынимают, а отверстия — замазывают таким же раствором, который применялся во время крепления. С высотой стяжки надо определиться до заливочных работ, чтоб не было в будущем непредсказуемых ситуаций, связанных с переделкой.

Чтоб в будущем не затопить водой личную квартиру и соседей снизу (если такие есть) — уровень пола в санузле делается по ГОСТам немного ниже. Примерно на 0,2-0,6 см от общего уровня половой поверхности остальных помещений.

Так что во время выравнивания поверхности стоит подсчитать заранее показатели общей высоты финишного пола с плиткой, чтоб знать, на сколько см нужно будет залить выравнивающую смесь.

Правила нанесения грунтовки и как действовать так, чтобы не допустить ошибок

Именно с применением смеси для грунтовки можно сократить расход клеевого состава. Это связано с повышением сцепления материалов после высыхания. В продаже есть готовые к применению пропитки, которые берутся в той пропорциональности, которую требует производитель. Пропиточный состав наносится широкой малярной кистью, перед этим убрав с основания излишки мусора и пыли.

При рассмотрении грунтовочного процесса, где применяют такую конструкцию, как валик, стоит знать, что в помещениях с повышенной влажностью он не является практичным. Данный инструмент не полностью заполняет поры, особенно на влажном основании.

Желательно при нанесении грунтовочных смесей немного надавливать на основании малярной кисти. Так можно добиться лучшего результата. Это главное условие выполнения качественной работы.

Втирание с использованием кисти происходит до тех пор, пока не появится на поверхности бетона белая пена. Первый слой удобнее намазывать в вечернее время, чтоб к утру все высохло. После повторного грунтования потребуется подождать, пока бетон впитает влагу, но полного высыхания не нужно ждать. Можно сразу приступить к укладке керамической плитки.

Как правильно сделать изолирование пола от влаги

Не стоит упустить важный момент такой, как гидроизоляция до укладочных манипуляций. Если санузел находится не на первом этаже, то вероятность затопления соседей внизу есть почти постоянно. Все протечки и проблематичные места стоит устранить заранее. Это повысит уровень безопасности в будущем.

Не стоит применять простую пленку из полиэтилена, так как она не имеет надлежащей стойкости и прочности (к тому же во время укладки плитки она может повреждаться). Но, большинство неквалифицированных мастеров может утверждать обратное. Независимо от плотности пленки, она под слоем бетона будет разрушаться. Иногда, процесс длится около двух или трех лет.

Рекомендовано безошибочно выбирать материалы для защиты от влажности и протечек. Для надежности желательно использовать такие материалы:

• рубероид;
• наливной состав с полимерами;
• мастика на основе битума.

Рубероид неплохо показал себя на практике. Но его использование требует практических навыков. При настилании материала применяется газовая горелка, ею стоит спаивать стыки.

Один из новых способов изоляции считается наливной состав. Он производится на основе цемента, с добавлением полимера. Смесь заливается для выравнивания, только слой делается тоньше.

Перед укладкой плитки можно применить мастику на основе битума. Ею покрывают все очищенные и загрунтованные плиты перекрытия. Также, стоит покрыть стены на 15 см вверх.

Мастера рекомендуют остановиться на наливных составах. Они не потребуют великих затрат труда, а основание и отделка будут хорошо защищены от влияния влаги.

Нанесение разметки

Если пол высох, то приступают к рисованию разметки. Есть разные технологии просчета, но цель их единственная:

1. Пол размечается так, чтоб подрезку было меньше видно. Все зависит от планировки комнаты и ее будущего интерьера.
2. Просчеты делаются так, чтоб свести к минимуму подрезку. Если подход сделан профессионально, то кафель режется на треть. Иногда его подрезают наполовину.

Лучше поместить целую плитку ближе к входу, по оси проема окна. Также, неплохим вариантом послужит размещение целых изделий у порога двери балкона. Чаще используются методы укладки по перпендикулярным осям от центральной линии проема двери.

В самом начале стоит провести линию, которая соединяет центр порога и центр стены напротив. Это делается при помощи красящего шнура или лазерного уровня. Далее, вдоль такой линии раскладывается ряд плиток с крестиками (без клея, на сухую).

После укладки последней плитки, стоит провести линию вдоль ее края. Она должна быть перпендикулярной к центральной полосе. Вот по этой линии будет укладываться первый ряд. Рекомендовано проверить все угольником, углы должны быть только прямыми.

Как правильно готовить и наносить плиточный клей

Вначале монтажа плитки готовится клеевой состав. Предстоящие действия можно сделать следующим образом. Для начала, требуется найти контейнер, в котором будет перемешан клеевой раствор. Чтоб растворить сухой порошок применяется обычная вода. Наливается жидкость в ту емкость, которая подходит. Дальше, в емкость с водой небольшими дозами насыпают смесь. Полученную массу понадобится перемешать.

Нередко, для подобных действий берутся дрели или перфораторы. В том случае, если объемы работ предполагаются большие, то применяют бетономешалку или мощный миксер.

Специалисты рекомендует не высыпать сходу повышенное количество смеси, потому, чтоб не возникла масса кусочков или комков. А это плохо отражается на рабочем процессе и качестве в целом. Много профессиональных плиточников знают, что когда высыпать состав в один момент в посуду, то процесс перемешивания станет неудобным. Вырастает нагрузка на инструмент: перфоратор, дрель или миксер (исключением является бетономешалка).

Следует сказать, что данный раствор не готовится ни густым составом, ни жидким. Это потому, что такой нюанс приведет к дискомфорту в момент укладки.

При монтаже кафельной плитки используют шпатель с зубцами нужного размера. С его помощью практично наносить состав на плиточный материал. Состав клеевого раствора рекомендуется накладывать на нижнюю поверхность плитки, далее ее прислоняют к основанию поверхности.

Немного вдавливая керамическую плитку по направлению к стене, советуют распределять клеевой раствор по всему основанию плиточного материала. Делается это равномерно, без пустот или перепадов.

Эти действия советуют повторять и с каждой последующей плиткой. Когда элемент кафельной отделки положен, то в места соединений вставляются крестики.

Размеры швов между плитками бывают неодинаковыми. Обычно они такие: 3 мм, 2 мм, 4 мм и другие. Качество укладки каждого элемента проверяются простым уровнем.

На видео показана операция нанесения клея для плитки на пол:

Процесс укладки и все, что нужно помнить о нем

Последующий этап — это конкретный монтаж кафельной плитки на полу. Данные действия несут в себе огромное влияние на финишный результат. Во время нанесения советуют применять специфичный инструмент:

• шпатель;
• терка;
• мастерок;
• приспособление для резки плитки;
• отвес;
• уровень.

Например, терка, имеет своеобразную конструкцию. Она зубчатая с одной стороны, а другая ее часть гладкая. Кроме этого, для плитки большой массы, приходится подобрать терку с крупным зубом.

Клеевой раствор наносится на поверхность пола при помощи мастерков или шпателей, потом с помощью зубчатой стороны терки или шпателя, разглаживается. Необходимо сказать, что показатели высоты слоя должны быть больше показателей высоты зубьев, которые имеет терка.

Уложив плитку на пол, ее стоит плотнее прижимать руками. Это делается по всей плоскости изделия. Данные работы требуется выполнять равномерно. В противном случае, при обнаружении несоответствия показателей высоты краев, возникнет проблема.

В том случае, если кафель довольно большого размера — то применяется молоток резинового типа. Он давно испытан практикой. Инструмент применяется для умеренных ударов, «прикрепляя» плитку с центра, и расходясь ближе к краю. Все повторяется с каждой последующей плиткой.

Для того чтоб выдержать четкие, по величине и расстоянию, зазоры, стоит брать крестики, которые изготовлены из пластика. Укладывая плиточный материал на поверхность основания, понадобится еще раз осмотреть проклеенную плоскость поверхности, убрав остатки клея. Если этого не сделать, то он будет серьезной помехой во время затирки. Важно соблюдать внимательность, аккуратность, а также осторожность.

Надо через специальный промежуток времени держать под контролем высоту укладки. Данные действия — это ответственная задача, от нее зависит финишный результат. В подобной ситуации пригодится уровень, им можно проверить, как уложен кафель. Для таких целей применяются лазерные уровни. Но, не у всех плиточников они имеются, так как стоимость изделий высокая.

Затирка швов

Когда пройдет 24 часа после укладки, то стоит приступать к затирочному процессу. Для начала стоит намочить швы. Это делается пульверизатором или губкой, намоченной в воде. Так повышается сцепление материалов (основания и затирки).

После того, как затирочный состав будет разведен и замешан, приступают к главному действию. Берется мягкий шпатель, сделанный с резины. Им наносится затирка так, чтоб не возникло пустот и пробелов. Важно следить за качеством выполнения последнего этапа работ. Не рекомендуется осуществлять сильные надавливания во время работы, движения должны быть четкими и плавными.

По прохождению 20-30 минут после затирки, при помощи влажной губки, удаляются затирочные излишки. Так затирается вся плоскость поверхности плиточного пола. Исключение – это стыки со стеной, их не затирают, а позже заполняют силиконом.

Когда закончится затирка поверхности, то поверхность стоит вымыть влажной тряпкой или губкой. Иногда, мастера покрывают швы герметическим клеем. Но это делать не обязательно, так как существуют водонепроницаемые затирочные смеси.

Если в процессе укладки плитки и затирки проблем не было, то работа считается законченной. Когда ошибок не допускалось, то результат оправдает ожидания.

Что сначала плитка или ванна: последовательность укладки, особенности технологии

Планируя ремонт в ванной комнате, практически все люди задаются вопросом, что делать сначала: устанавливать ванну или облицовывать помещение плиткой? Оба этих варианта имеют право считаться правильными, ведь выбор той или иной последовательности зависит от нескольких факторов. Учитывается материал, из которого изготовлена ванна, размер санузла, мастерство и ответственность плиточника и сантехника. Рассмотрим особенности, преимущества и недостатки обеих последовательностей проведения ремонта.

Варианты последовательности

Перед тем как сделать выбор, обратите внимание на важные моменты и особенности технологии укладки. Существует 3 варианта: без сантехники или с уже установленной ванной, раковиной (и унитазом при совмещенной планировке). Третий способ заключается в заносе, измерении необходимых параметров и выносе емкости до окончания отделочных работ.

Если перед тем как класть плитку, демонтировать все приборы, произвести замеры гораздо проще. Но, например, чугунную ванну не так просто вытянуть, поскольку она тяжелая. Для этого понадобится 3-4 человека. Целесообразность этих действий в случае, если ее замена не предполагается, также вызывает сомнения.

Следующим шагом будет проведение замеров:

• длина и высота стен;
• габариты дверных и оконных проемов;
• встроенных ниш, выступов и других конструкций.

Это даст возможность правильно рассчитать площадь поверхности под отделку и необходимое количество плитки. Теперь нужно приобрести или подготовить инструменты и материалы для работ.

При желании можно использовать 2 и более варианта цветов и размеров плитки, а также нестандартной прямолинейной кладки, следует проконсультироваться со специалистами или найти компьютерные программы для составления макета.

Подготовительный этап работы начинается со снятия старых отделочных материалов. Поверхность стен выравнивают, штукатурят. Пол шлифуют, укладывают стяжку, затем грунтуют и покрывают гидроизоляцией в 2-3 слоя.

На этом подготовительный этап закончен. Приступают к разметке стен:

1. прокладка нулевого уровня;
2. промеры углов с использованием малярного шнура;
3. отбивка пигментов линии промера;
4. закрепление деревянной рейки по получившейся линии;
5. бесклеевая укладка ряда кафеля (предполагает раскрой первой плитки в ряду при необходимости).

После этого происходит укладка плитки. Нужно следить за горизонтально-вертикальным расположением линий. Порядок действий:

• Замешивание клеевого состава.
• Нанесение на поверхность (для 5-7 плиток за 1 раз). Для стен начинают с нижнего ряда и двигаются к потолку, для пола — с углов к выходу.
• Раствор сохнет около 3 дней.
• Затирка швов между плитками.

Если предполагается встроенная в стену боковина ванной, делают соответствующие замеры и отметки по высоте борта, заносят и устанавливают сантехнику. Поверхность между бортиком и стеной заделывают герметиком.

Во всех вариациях принцип практически одинаковый. Существенной разницей является начало кладки (для безвыносного варианта и с замерами) — это старт не с поверхности пола, а с бортика.

Сначала плитка

Капитальный ремонт ванной комнаты предполагает очистку помещения от сантехники до проведения всех работ. В этом случае проще снять использованную плитку, разровнять поверхность.

Если плитка уже лежит, необходимо внести и закрепить ванну к полу. Установка ванны в ванной комнате, обложенной плиткой, зависит от типа материала самой емкости. Чугунная ванна тяжелая, и ее монтаж сводится к подключению систем слива и перелива, а также бетонной стяжке с контролем горизонтального уровня. Для более прочной фиксации и этот вид ванн нужно закреплять. Стыки со стеной тщательно гидроизолируют.

Установка акриловой ванны предусматривает фиксацию как к полу, так и к стенам. Правильно прикреплять ее с 2-3 сторон. Измерить усадку каркаса акриловой ванны, а еще незначительное изменение высоты бортиков поможет простой способ: необходимо набрать в нее воду и проводить соответствующие работы. Крепление ванны из акрила и металла предполагает следующие шаги:

1. измерение длины и ширины под место установки;
2. покупка необходимого резервуара с учетом, что размеры и расстояния бортиков до стен будут до 5 мм;
3. монтируют сифон, перелив фиксируют до окончательного закрепления ванны;
4. опоры-ножки плотно прикладывают к полу;
5. зазоры заделывать гидроизоляционными материалами.

Вариант с первоначальной укладкой плитки предполагает ее размещение по всему периметру, поэтому расход будет больше. Зато такая конструкция более надежна ввиду отсутствия влаги под облицовочным материалом.

Сначала ванна

В маленьких ванных комнатах и с нестандартными резервуарами сначала выполняется установка ванны, а потом облицовка стен и пола. Боковые конструкции, джакузи более сложные для монтажа и дальнейшего обслуживания, поэтому крепятся к стене в первую очередь.

Счастливые владельцы миниатюрных ванных комнат должны перестраховаться. Стандартные размеры резервуаров не предполагают монтаж плитки между стеной и бордюром. Зато установка ванны под плитку обеспечивает ее дополнительную фиксацию и меньший размер зазора, который необходимо изолировать.

Несмотря на то что акриловую ванну можно ставить и после укладки облицовочного материала, многие выбирают вариант с поэтапным размещением сантехники по окончанию отделочных работ, чтобы предупредить смещение центра тяжести навешиванием резервуара на специальные крючки на стене. Это обеспечивает долговечность изделия.

Начинать укладку плитки в этом случае следует от бортика ванны, а не от пола. Зазор между бортиком и плиткой должен составлять 2-3 мм. Впоследствии он замажется с помощью влагостойких материалов. В этом случае кафель заходит на бортик, и ванна встраивается в стену.

Делаем замер, потом облицовку

Чтобы после укладки плитки не оказалось, что размер ванны превосходит имеющееся пространство на 1-2 см, и не пришлось делать все заново, существует вариант, когда резервуар сперва заносят в пустую комнату, делают разметки, снимают замеры. Затем ванну выносят и кладут кафель от уровня бортика с учетом зазора.

Этот вариант удобнее для кладки кафеля, но требует тщательных расчетов.

Помещение
Ширина 1 стены, м.
Ширина 2 стены, м.
Ширина 3 стены, м.
Ширина 4 стены, м.
Высота стен, м2
Дверь
Ширина, м.
Высота, м.
Размеры ванной (если не будете клеить плитку за ванной)
Ширина, м.
Высота, м.
Длина, м.
Окно
Ширина, м.
Высота, м.
Элементы, на которые не будет клеится плитка
Ширина, м.
Высота, м.
Элементы, на которые будет клеится плитка
Ширина, м.
Высота, м.
Стоимость плитки
Настенной плитки
Напольной плитки
Общий периметр помещения, м
Настенная плитка, м2
Напольная плитка, м2
Стоимость плитки на стены
Стоимость плитки на пол

В зависимости от размеров помещения

Если ванна помещается ровно от стены до стены, рискованно выбирать первый вариант. Может случиться так, что после выравнивания стен и укладки плитки расстояние сократится, и ванна просто-напросто не влезет. Поэтому, если санузел совсем маленький, сначала нужно установить ванну и уже от нее класть плитку. Так надежнее.

Если ванная, наоборот, большая, можно выбрать третий вариант: занести, установить, померить, сделать разметку, отодвинуть и выложить плитку не от пола, а от уровня бортика ванны.

В зависимости от типа ванны

Следует ознакомиться с инструкцией к новой ванне. Как правило, производители акриловых ванн рекомендуют сначала класть плитку и только потом устанавливать ванну, заделывая стык со стеной герметиком.

Производители стальных ванн не столь категоричны, однако не советуют упирать край плитки непосредственно в бортик. Стальная ванна способна «гулять». Как следствие, ряд плитки, лежащий на бортике, может быть выдавлен. Обкладывать стальную ванну плиткой можно, но необходимо оставлять зазор.

Чугунную ванну чаще всего «встраивают» в плитку, а не приставляют к уже облицованной стене. Такие ванны самые надежные, тяжелые, устойчивые. И служат они, как правило, очень долго. Поэтому их встраивание не влечет за собой особых рисков.

Есть еще один немаловажный аспект, связанный с чугунной ванной. Если обложить санузел плиткой и только потом занести ванну, отделка может пострадать. Чугун твердый и тяжелый, поэтому даже не очень сильный удар по плитке способен привести к сколам и трещинам.

В отличие от чугунной, акриловая ванна, особенно недорогая, может потребовать замены буквально через несколько лет. Если она встроена в плитку, придется ломать конструкцию. Прежде чем определиться с вариантом последовательности, нужно решить — готовы ли вы к незапланированному ремонту? Если же ванна установлена в облицованный санузел, а стык со стеной заполнен только герметиком, особых сложностей с ее заменой не возникнет.

Значение имеет и размер ванны. Если она очень большая (такими габаритами отличаются, например, угловые модели), обкладывать ее плиткой будет, мягко говоря, неудобно. Как это скажется на качестве укладки? Не будет ли повреждена новая ванна в ходе отделочных работ? Может быть, такую ванну стоит устанавливать только в облицованный санузел?

Здесь, конечно, многое зависит от мастерства и опыта плиточника. Если он готов работать в таких условиях и при этом гарантирует, что ванна обойдется без повреждений, можно отдать предпочтение варианту со «встройкой».

Если ванна оснащена дополнительными функциями (гидромассажем), «зашивать» ее в плитку чревато. Случись какая-нибудь поломка, придется либо смириться с ней, либо рушить конструкцию.

Подведем итог по типу ванну.

Рекомендуется устанавливать в санузел, уже обложенный плиткой:

• акриловые ванны, особенно недорогие
• нетипично большие ванны
• ванны с дополнительными функциями

Рекомендуется встраивать в плитку:

• тяжелые чугунные ванны

Исключение — это, конечно, отдельно стоящие чугунные ванны, в том числе на лапах. Их никогда не встраивают и часто вообще не стыкуют со стеной.

Виды ванн

Современный рынок сантехники предлагает три разновидности ванн. Познакомимся с ассортиментом поближе.

• Чугунные. Некоторые считают установку такой ванны пережитком прошлого. Однако это далеко не так. Такие модели отличаются высокой прочностью и способностью длительное время сохранять температуру воды. Стоимость таких изделий высока, зато они рассчитаны на 40-50 лет эксплуатации. Недостатком чугунной ванны является вес, поэтому установка изделий выполняется на прочное основание.

• Акриловые. Довольно практичные конструкции, которые идеально вписываются в помещения любой площади. Установка такой ванны не составит труда даже для новичка, однако, некоторые неопытные мастера допускают классическую ошибку: устанавливают изделие на самодельные опоры, игнорируя заводской каркас (идёт в базовой комплектации). Акрил – это довольно хрупкий материал, поэтому неправильное распределение центра тяжести может спровоцировать образование сколов и трещин.

• Стальные. Оптимальный вариант для тех, кто равнодушен к эстетике и красоте санузла. Стальные ванны относятся к категории эконом класса, поэтому их часто устанавливают на первое время, впоследствии меняя на чугунные или акриловые модели. Масса стальной ванны составляет 30-35 килограмм, поэтому монтаж/демонтаж обычно не вызывает затруднений. К недостаткам изделия относится быстрая теплоотдача: налитая вода остывает буквально за 10-15 минут.
  

На рынке можно встретить ванны, выполненные из бронзы или меди. Это дорогостоящие изделия, нуждающиеся в специальном уходе.

Советы

1. Если от борта ванны идет целая плитка, а не куцый обрезок, картинка получается более привлекательной. Планируя заносить ванну в облицованный санузел, желательно еще до укладки плитки приблизительно определить, на какой высоте будет находиться бортик.

2. Прежде чем промазывать «шов» между стеной и ванной силиконовым герметиком, рекомендуется наполнить чашу водой до слива. Сливать воду можно только после высыхания герметика. Утверждается, что если «герметить» пустую ванну, то после наполнения она может оторваться от стены. Чтобы защитить ванну и стены от следов герметика, перед работой необходимо наклеить на них монтажный скотч.

Читайте также:  Советы от дизайнеров по обустройству кухонной комнаты площадью 16 квадратных метров

3. Если хочется «утопить» ванну в давно уложенную плитку, можно сделать неглубокую штрабу в кафеле. Ширина бороздки — по размеру борта ванны. Ванна задвигается в штрабу, стык обрабатывается герметиком и/или влагостойкой затиркой.

Ориентиры выбора подходящей ванны

Современная промышленность предлагает нам ванны разной формы и расцветки, произведенные из различных материалов. Из-за разнообразия моделей перед владельцем жилья всегда встаёт проблема выбора.

Если форма ёмкости и её расцветка волнуют нас больше с эстетической точки зрения, то от материала изготовления зависят важные эксплуатационные характеристики изделия: его практичность, внешний вид и долговечность.

Кроме материала, габаритов и конфигурации чаши на выбор ванны оказывают влияние размер гигиенической комнаты, удобная для всех членов семейства высота бортиков, наличие дополнительных приспособлений и функций

В производстве ванных чаш используются:

1. Сталь. Стальная сантехника привлекает доступной ценой, изобильным ассортиментом. Благодаря легковесности с установкой можно справиться без привлечения помощников. К минусам относят высокую теплоотдачу, способность деформироваться, прогибаться под весом крупных людей, «шумность» при наборе воды в чашу.
2. Чугун. Дорог, надежен, долговечен. Не шумит при заполнении водой, безупречно поддерживает температуру в емкости. Из-за внушительного веса установку чугунной ванны невозможно провести в одиночку. Сантехника довольно хрупкая, при неосторожном обращении можно расколоть чашу или повредить эмаль.
3. Акрил. Легкий и недорогой вариант, который проще и логичней заменить, чем ремонтировать. Не звучит при наборе воды, сохраняет тепло, но служит недостаточно долго и не радует устойчивостью. С установкой без затруднений можно справиться собственноручно.

Если в семье есть люди с внушительным весом, сантехнические емкости из стали и акрила желательно устанавливать на постаменты из кирпича или сооруженные из него дополнительные опоры.

Нюансы при выполнении работ

При планировании раскладки кафеля учитывается то, что возле бортика и вверху под потолком желательно укладывать целые плитки: так отделка выглядит более привлекательно. Если целые плитки по высоте стены не становятся, практикуют декоративное оформление бордюром – такие вставки делают облицовку изящной и оригинальной.

Прежде чем герметизировать стык со стеной или начинать укладывать плитку от бортика, ванну наполняют водой, чтобы она дала усадку.

Если выбран вариант с утапливаемой в облицовку ванной, стоит понимать, что при необходимости замены оборудования прилегающий к бортику кафель придется демонтировать.

Основное значение при выборе порядка выполнения работ в санузле имеет материал ванны. В уже отделанной санитарной комнате рекомендуется устанавливать акриловые, угловые, гидромассажные и изделия большого (нестандартного) размера.

Джакузи не стоит вмуровывать в кафель, так как для ремонта потребуется отодвигать оборудование.

Чугунные же ванны идеально подходят для встроенного монтажа. Со стальными изделиями приемлемы оба варианта, так как они весят немного и достаточно прочны для того, чтобы становиться на бортик при отделке стен.

Также следует прислушиваться к мнению мастеров: специалисты с большим опытом на месте определят оптимальный вариант с учетом конкретной ситуации и обстоятельств.

Совет! Если вам нужны мастера по ремонту ванной комнаты, есть очень удобный сервис по подбору спецов от PROFI.RU. Просто заполните детали заказа, мастера сами откликнутся и вы сможете выбрать с кем сотрудничать. У каждого специалиста в системе есть рейтинг, отзывы и примеры работ, что поможет с выбором. Похоже на мини тендер. Размещение заявки БЕСПЛАТНО и ни к чему не обязывает. Работает почти во всех городах России.

Если вы являетесь мастером, то перейдите по этой ссылке, зарегистрируйтесь в системе и сможете принимать заказы.

Быстрое секвенирование генома с помощью коротких универсальных тайлинговых зондов

1

Sanger, F., Nicklen, S. & Coulson, A.R. Секвенирование ДНК с помощью ингибиторов обрыва цепи. Proc. Natl. Акад. Sci. США 74 , 5463–5467 (1977).

CAS Статья Google Scholar

2

Prober, J.M. et al. Система для быстрого секвенирования ДНК с флуоресцентными дидезоксинуклеотидами, завершающими цепь. Science 238 , 336–341 (1987).

CAS Статья Google Scholar

3

Лаки, Дж. А. и другие. Высокоскоростное секвенирование ДНК с помощью капиллярного электрофореза. Nucleic Acids Res. 18 , 4417–4421 (1990).

CAS Статья Google Scholar

4

Venter, J.C. et al. Секвенирование экологического генома Саргассова моря. Science 304 , 66–74 (2004).

CAS Статья Google Scholar

5

Международный консорциум HapMap. Карта гаплотипов генома человека. Природа 437 , 1299–1320 (2005).

6

Klein, R.J. и другие. Полиморфизм фактора комплемента H при возрастной дегенерации желтого пятна. Наука 308 , 385–389 (2005).

CAS Статья Google Scholar

7

Мараганор, Д.M. et al. Полногеномное ассоциативное исследование болезни Паркинсона с высоким разрешением. г. J. Hum. Genet. 77 , 685–693 (2005).

CAS Статья Google Scholar

8

Маргулис М. и др. Секвенирование генома в микропроцессорных пиколитровых реакторах высокой плотности. Природа 437 , 376–380 (2005).

CAS Статья Google Scholar

9

Шендуре, Дж.и другие. Точное мультиплексное секвенирование полонии эволюционировавшего бактериального генома. Наука 309 , 1728–1732 (2005).

CAS Статья Google Scholar

10

Blazej, R.G., Kumaresan, P. & Mathies, R.A. Микропроцессор для интегрированного секвенирования ДНК по Сэнгеру в нанолитровом масштабе. Proc. Natl. Акад. Sci. США 103 , 7240–7245 (2006).

CAS Статья Google Scholar

11

Беннет, С.Т., Барнс, К., Кокс, А., Дэвис, Л. и Браун, К. К геному человека за 1000 долларов. Фармакогеномика 6 , 373–382 (2005).

CAS Статья Google Scholar

12

Шендуре, Дж., Митра, Р. Д., Варма, К. и Черч, Г. М. Передовые технологии секвенирования: методы и цели. Nat. Преподобный Жене. 5 , 335–344 (2004).

CAS Статья Google Scholar

13

Бреннер, С.и другие. Анализ экспрессии генов путем массового параллельного секвенирования сигнатур (MPSS) на массивах микрогранул. Nat. Biotechnol. 18 , 630–634 (2000).

CAS Статья Google Scholar

14

Гадесси, Ф.Дж., Онг, Дж. Л. и Холлигер, П. Направляли эволюцию функции полимеразы за счет компартментализованной саморепликации. Proc. Natl. Акад. Sci. США 98 , 4552–4557 (2001).

CAS Статья Google Scholar

15

Митра, Р.Д. и Черч, Г. Локализованная амплификация in situ и контактная репликация многих индивидуальных молекул ДНК. Nucleic Acids Res. 27 , e34 (1999).

CAS Статья Google Scholar

16

Bing, D.H. et al. Мостиковая амплификация: система твердофазной ПЦР для амплификации и обнаружения аллельных различий в генах с одной копией. Материалы конференции по генетической идентификации, Седьмой международный симпозиум по идентификации человека , Скоттсдейл, Аризона, 18–20 сентября 1996 г. (Promega Corp., Мэдисон, Висконсин, 1996).

Google Scholar

17

Браславский И., Хеберт Б., Карталов Э. и Квейк С. Информацию о последовательности можно получить из отдельных молекул ДНК. Proc. Natl. Акад. Sci. США 100 , 3960–3964 (2003).

CAS Статья Google Scholar

18

Хайман, E.D. Новый метод секвенирования ДНК. Анал. Биохим. 174 , 423–436 (1988).

CAS Статья Google Scholar

19

Ронаги, М., Карамохамед, С., Петтерссон, Б., Улен, М. и Найрен, П. Секвенирование ДНК в реальном времени с использованием обнаружения высвобождения пирофосфата. Анал. Биохим. 242 , 84–89 (1996).

CAS Статья Google Scholar

20

Metzker, M.L. и другие. Прекращение синтеза ДНК новыми 3′-модифицированными дезоксирибонуклеозид-5′-трифосфатами. Nucleic Acids Res. 22 , 4259–4267 (1994).

CAS Статья Google Scholar

21

Canard, B. & Sarfati, R.S. Флуоресцентные субстраты ДНК-полимеразы с обратимыми 3′-метками. Gene 148 , 1–6 (1994).

CAS Статья Google Scholar

22

Хайндс, Д.А. и другие. Полногеномные модели общих вариаций ДНК в трех популяциях человека. Наука 307 , 1072–1079 (2005).

CAS Статья Google Scholar

23

Drmanac, R., Petrovic, N., Glisin, V. & Crkvenjakov, R. Секвенирование мегабазы ​​плюс ДНК путем гибридизации: теория метода. Genomics 4 , 114–128 (1989).

CAS Статья Google Scholar

24

Drmanac, S. et al.Точное секвенирование путем гибридизации для ДНК-диагностики и индивидуальной геномики. Nat. Biotechnol. 16 , 54–58 (1998).

CAS Статья Google Scholar

25

Bains, W. & Smith, G.C. Новый метод определения последовательности нуклеиновых кислот. J. Theor. Биол. 135 , 303–307 (1988).

CAS Статья Google Scholar

26

Лысов, Ю.П., Флорентьев В.Л., Хорлин А.А., Храпко К. И Шик В.В. Определение нуклеотидной последовательности ДНК с помощью гибридизации с олигонуклеотидами. Новый метод. Докл. Акад. АН СССР 303 , 1508–1511 (1988).

CAS PubMed Google Scholar

27

Лизарди, П.М. и другие. Обнаружение мутаций и подсчет одиночных молекул с использованием изотермической амплификации по катящемуся кругу. Nat. Genet. 19 , 225–232 (1998).

CAS Статья Google Scholar

28

Кошкин, А.А. и другие. LNA (заблокированные нуклеиновые кислоты): синтез мономеров бициклонуклеозидов аденина, цитозина, гуанина, 5-метилцитозина, тимина и урацила, олигомеризация и беспрецедентное распознавание нуклеиновых кислот. Тетраэдр 54 , 3607–3630 (1998).

CAS Статья Google Scholar

29

Доначи, В.D. Клеточный цикл Escherichia coli . Annu. Rev. Microbiol. 47 , 199–230 (1993).

CAS Статья Google Scholar

30

Ewing, B. & Green, P. Вызов базы данных автоматического секвенсора с использованием phred. II. Вероятности ошибок. Genome Res. 8 , 186–194 (1998).

CAS Статья Google Scholar

31

Шамир Р.И Цур, Д. Крупномасштабное секвенирование путем гибридизации. J. Comput. Биол. 9 , 413–428 (2002).

CAS Статья Google Scholar

32

Drmanac, R. et al. Секвенирование методом гибридизации (SBH): преимущества, достижения и возможности. Adv. Биохим. Англ. Biotechnol. 77 , 75–101 (2002).

CAS PubMed Google Scholar

33

Арратиа, Р., Мартин, Д., Райнерт, Г., Уотерман, М.С. Приближение процесса Пуассона для повторов последовательностей и секвенирование путем гибридизации. J. Comput. Биол. 3 , 425–463 (1996).

CAS Статья Google Scholar

34

Pe’er, I., Arbili, N. & Shamir, R. Вычислительный метод пересеквенирования длинных ДНК-мишеней с помощью универсальных массивов олигонуклеотидов. Proc. Natl. Акад. Sci. США 99 , 15492–15496 (2002).

CAS Статья Google Scholar

35

Whiteford, N. et al. Анализ возможности короткого секвенирования чтения. Nucleic Acids Res. 33 , e171 (2005).

Артикул Google Scholar

36

Lander, E.S. и другие. Начальная последовательность и анализ человеческого генома. Nature 409 , 860–921 (2001).

CAS Статья Google Scholar

37

Церковь, г., Шендуре, Дж. И Поррека, Г. Секвенирование чистокровных пород. Nat. Biotechnol. 24 , 139 (2006).

CAS Статья Google Scholar

38

Williams, R. et al. Амплификация сложных библиотек генов методом эмульсионной ПЦР. Nat. Методы 3 , 545–550 (2006).

CAS Статья Google Scholar

Комментарии к нормализации последовательности выражения массива листов | Биоинформатика

Абстрактные

Мотивация: Для точного выявления особенностей генома необходимы методы улучшения сигналов экспрессии тайлинг-массива.Royce et al. обеспечивает статистическую нормализацию сигнала мозаики на основе содержимого тестовой последовательности, что обещает повышенную точность и требует независимой проверки.

Результаты: Оценка методов нормализации содержания последовательности выявила проблему: смешение содержания последовательности зонда с содержанием последовательности структуры гена (интрона / экзона). Нормализация затеняла тайловые изменения сигнала на границах генной структуры. Это и другие данные свидетельствуют о том, что простая нормализация последовательности не улучшает обнаружение генов из данных экспрессии тайлов.

Доступность: http://wfleabase.org/genome-summaries/tile-expression/tileseqnorms/

Контактная информация: [email protected]

1 ВВЕДЕНИЕ

В статье Royce et al. (2007) обращается к важным аспектам артефактов при обнаружении сигнала мозаичного массива: повсеместной гибридизации, которая зависит от содержания последовательности зонда. Они подтверждают это простой и удобной статистикой R для представленных методов.

Генные структуры показывают изменения в содержании GC последовательности: интроны и межгенные области обычно имеют более низкое содержание GC, чем экзоны (Kalari et al., 2006; Mount et al. , 1992). Методы нормализации последовательности плохо справляются с этой структурной взаимосвязью, а также с тем, влияет ли нормализация на точное различение структур. Авторы сравнивают гены RefSeq человека с областями, не относящимися к RefSeq (контроль), в паре для содержания GC. Этого теста может быть недостаточно, чтобы отделить неспецифический сигнал из-за большей гибридизации с GC-богатыми зондами от истинного сигнала транскрибируемых областей.

2 МЕТОДА

Мы использовали исходный код R из приложения по адресу http: // tiling.gersteinlab.org/sequence_effects/ для этой статьи: sequence_normalization_functions.R, как робастный метод наименьших квадратов (RLS) с итерацией, так и quantilenorm, последнее кажется лучшим. Ценность этих методов состоит в том, что они являются ясными и несложными статистическими подходами к настройке сигналов тайлов с учетом эффектов последовательности зондов.

Использовали образцы каркасов 1 и 17 Daphnia pulex и хромосом 2L и 4 Drosophila melanogaster , содержащих 4300 и 12 900 экзонов, соответственно.Данные мозаичного массива Nimblegen для транскриптов Daphnia (J.K. Colbourne, и др., , рукопись в стадии подготовки) на этих каркасах включают 180 000 тайлов размером 50 п.н., перекрывающихся каждые 25 п.н. Данные тайлинга Affymetrix для транскриптов Drosophila (Manak et al. 2006; данные транскриптома modENCODE, неопубликованные данные) включают 607 000 неперекрывающихся тайлов длиной 36 п.н. Подсчитывали сигналы плитки выше среднего порога до и после нормализации, которые перекрывают экзоны.Это измеряет чувствительность (экзоны с экспрессией плитки / все экзоны) и специфичность [1 — (плитки с высоким сигналом вне экзонов / все плитки с высоким сигналом)]. Поскольку одним из видов использования экспрессии тайлов является обнаружение генных структур, изменения на границах экзона / интрона измеряли как разницу в последовательных сигналах. Межгенные области не использовались из-за их меньшей достоверности аннотации. Были просмотрены карты генных структур, сигнал плитки и содержимое GC, что дало первый ключ к пониманию того, что нормализация последовательности влияет на четкость определения структуры гена.

Третье сравнение было с перекрывающимися тайлами из массивов Нимблгена для обоих видов. Были обнаружены пары перекрывающихся зондов (длиной 50 п.н., перекрывающиеся 25 п.н.): 589 900 для Daphnia и 946 400 для Drosophila . Эти перекрывающиеся плитки сравнивали попарно для содержания GC и сигнала, чтобы указать, существует ли корреляция для эффектов последовательности в пределах одних и тех же структур экзона и интрона.

3 РЕЗУЛЬТАТЫ

Нам удалось использовать и воспроизвести эффект содержания GC последовательности зонда для данных экспрессии плиток Daphnia (Nimblegen) и Drosophila (Affymetrix).Нормализованные таким образом сигналы не сильно отличаются от необработанных сигналов. Однако нечеткость при обнаружении структуры последовательности гена (границы экзона / интрона), по-видимому, является одним из результатов нормализации содержания последовательности. Нормализация последовательности (квантиленорм) снизила чувствительность и специфичность для обнаружения экзонов на 1% для данных Daphnia и на 2% для данных Drosophila .

3.1 Нормализация снижает корреляцию содержания GC

Методы квантильной нормализации и RLS в целом воспроизводят эффект содержания GC последовательности зонда, описанный Ройсом и его коллегами для экспериментов с обоими видами.Графики на Рисунке 1 выглядят убедительно: необработанный сигнал дает более высокий сигнал для зондов, обогащенных ГХ. После последовательной нормализации этот эффект исчезает. Средний сигнал экзона и значения GC выше, чем у интронов, и это остается после нормализации, хотя корреляция GC и сигналов снижается.

Рис. 1.

( A ) Необработанный и два нормализованных сигнала, по основанию на позицию последовательности зонда и ( B ) как точечный график зависимости силы сигнала от содержимого GC.Графики (A) такие же, как у Royce et al. (рис. 1) среднего сигнала на основание по положению последовательности зонда. Базы G + C в Raw находятся вверху, A + T внизу.

Рис. 1.

( A ) Необработанный и два нормализованных сигнала, по основанию на позицию последовательности зонда и ( B ) как точечный график зависимости силы сигнала от содержимого GC. Графики (A) такие же, как у Royce et al. (рис. 1) среднего сигнала на основание по положению последовательности зонда. Базы G + C в Raw находятся вверху, A + T внизу.

3.2 Нормализация снижает сигналы генной структуры

Для обнаружения генных структур перекрытие плиток с высокими показателями с известными экзонами обеспечивает меру точности результатов нормализации. Данные по обоим видам показали снижение чувствительности и специфичности с нормализованным сигналом.

Использование необработанных сигналов улучшает обнаружение структур генов, как видно из изменений сигнала на границах экзона / интрона. Одним из эффектов нормализации является затемнение границ структуры генов, которые часто связаны с изменениями последовательностей.На рисунке 2 показана статистическая мощность необработанных сигналов и сигналов квантильной нормы для различения границ экзонов и генов. Необработанный сигнал имеет более сильное статистическое различение границ. Эти эффекты коррелируют с содержимым GC, которое также отображается. При сравнении GC и оценки по основанию основной эффект заключается в более высокой корреляции оценка-GC в интронных регионах. Квантильная нормализация снижает эту корреляцию, так что интроны с низким содержанием GC имеют относительно более высокую оценку плитки.

Рис.2.

Статистическая оценка тайловой оценки при нахождении границ гена / экзона. Статистика Стьюдента t и логарифм ₁₀ (вероятность) для исходных (треугольник) и квантильных норм (перекрестных) оценок измеряют способность различать границу в базовых позициях, удаленных от позиции 0 (граница гена или экзона ± 60 п.н.). Статистика t представляет собой разницу в баллах с положением 0. Содержание GC (линия) показывает ожидаемые всплески на границах (x позиция 0): начало и конец кодирования, интрон-> экзон и экзон-> интрон, с повышенным GC% в экзоны.

Рис. 2.

Статистическая мощность оценки плитки при нахождении границ гена / экзона. Статистика Стьюдента t и логарифм ₁₀ (вероятность) для исходных (треугольник) и квантильных норм (перекрестных) оценок измеряют способность различать границу в базовых позициях, удаленных от позиции 0 (граница гена или экзона ± 60 п.н.). Статистика t представляет собой разницу в баллах с положением 0. Содержание GC (линия) показывает ожидаемые всплески на границах (x позиция 0): начало и конец кодирования, интрон-> экзон и экзон-> интрон, с повышенным GC% в экзоны.

При использовании частично перекрывающихся плиток экспериментов для обоих видов различия в содержании GC между перекрывающимися плитками имели более низкую корреляцию с уровнем сигнала. Общая корреляция GC и силы сигнала составляет 20% у обоих видов. Для перекрывающихся плиток эта корреляция снижается до 3% ( Drosophila ) или 15% ( Daphnia ). Когда сигнал и содержание GC измеряются на границах экзон-интрон, перекрывающиеся плитки имеют высокую корреляцию 60% для Daphnia и 9% для Drosophila , оба примерно в три раза выше, чем за пределами границ.Эти виды различаются по общему содержанию GC и генам, обрабатывающим метилирование ДНК, связанным с вариациями GC, поэтому большие межвидовые различия не являются неожиданными.

Проблемы норнализации при обнаружении генных структур впервые проявились на генных картах. RLS и квантиль нормализовали экзоны с понижением веса и интроны с повышенным весом, чтобы нормализованный сигнал был наиболее сильным для интронов нескольких генов. На рисунке 3 показаны примеры этого для двух генов. Области, отмеченные рамкой, показывают случаи, когда обнаружение границ интрон-экзон с помощью сигнала плитки уменьшается после нормализации по сравнению с необработанными сигналами плитки.Эти области совпадают с изменениями содержания GC. Нормализация увеличила количество и, следовательно, шум неэкспрессированных интронов и межгенных областей.

Рис. 3.

Примеры потери экзон-интронного сигнала. На картах генома показаны генные модели, необработанные и нормализованные сигналы тайлов и содержание GC для генов Daphnia и Drosophila . Закрасьте (выделенные) области, где нормализация заблокировала биологический сигнал.

Рис. 3.

Примеры потери экзон-интронного сигнала.На картах генома показаны генные модели, необработанные и нормализованные сигналы тайлов и содержание GC для генов Daphnia и Drosophila . Закрасьте (выделенные) области, где нормализация заблокировала биологический сигнал.

4 ОБСУЖДЕНИЕ

Нормализация содержимого последовательности — полезная концепция для повышения точности сигнала массива элементов мозаичного изображения. Тем не менее, он должен учитывать эффекты структуры гена, если он используется в экспериментах по обнаружению транскриптомов. Royce et al. (2007) описывают технологию и мотивацию для нормализации последовательности зонда.Геноцентрические исследования микроматриц позволяют выбрать зонды в транскрибируемой области гена для оптимизации гибридизации на массивах. Такой оптимизирующий отбор невозможен при разбиении генома, когда зонды покрывают геном небольшими промежутками с различным содержанием последовательностей. Результаты здесь указывают на нормализацию оценок массива тайлов по содержанию последовательности, скрывающему биологические сигналы.

Джонсон и др. (2008) обнаружили, что изменение содержимого GC зонда не является существенной причиной артефактов массива тайлов.В этом исследовании для мозаичных микроматриц ChIP-chip tiling использовались смеси с добавлением пиков, проведенные слепым тестом в нескольких лабораториях, с разными платформами и алгоритмами измерения. Одним из результатов является то, что содержание GC зонда не влияет на частоту ложных срабатываний, ложных отрицательных или истинных срабатываний. Простые тандемные повторы и сегментарные дупликации чаще связаны с ложными вызовами.

Когда тайловая экспрессия используется для обнаружения структур генов, возникает дилемма, потому что структуры генов и повсеместные артефакты гибридизации смешиваются с содержимым последовательности.Есть случаи, когда нормализация последовательности улучшает видимый сигнал генной структуры в областях с низким GC. Если есть способ объединить это с изменениями последовательности структуры гена, это будет полезным анализом. Одним из возможных вариантов использования было бы объединение нормализации последовательности с моделированием структуры гена (например, обобщенными скрытыми марковскими моделями). Другой вариант может заключаться в оценке фрагментов транскрипции без нормализации сигнала для наилучшего обнаружения границ, а затем в применении нормализации последовательности к этим фрагментам для уменьшения повсеместных эффектов гибридизации.

БЛАГОДАРНОСТИ

Мы благодарим Джона Колборна и Питера Чербаса за обсуждения и использование неопубликованных данных выражения тайлов.

Финансирование : Национальный научный фонд и Национальные институты здравоохранения Дону Гилберту.

Конфликт интересов : не объявлен.

ССЫЛКИ

, и другие.

Систематическая оценка вариабельности экспериментов с ChIP-чипами с использованием заранее определенных ДНК-мишеней

,

Genome Res.

,

2008

, т.

18

(стр.

393

—

403

) и др.

Первые экзоны и интроны — обзор содержания GC и структуры генов в геноме человека

,

In Silico Biol.

,

2006

, т.

6

(стр.

237

—

242

) и др.

Биологическая функция неаннотированной транскрипции во время раннего развития Drosophila melanogaster

,

Nat. Genet.

,

2006

, т.

38

(стр.

1151

—

1158

) и др.

Сигналы сплайсинга у Drosophila: размер интрона, информационное содержание и консенсусные последовательности

,

Nucleic Acids Res.

,

1992

, т.

20

(стр.

4255

—

4262

) и др.

Оценка необходимости нормализации на основе последовательностей в экспериментах с мозаичным микрочипом

,

Bioinformatics

,

2007

, vol.

23

(стр.

988

—

997

)

Заметки автора

© Автор 2009.Опубликовано Oxford University Press. Все права защищены. Для получения разрешений обращайтесь по электронной почте: [email protected]

.

Полугеометрическое разбиение последовательностей событий

Явления, которые развиваются с течением времени, проявляются в широком диапазоне прикладных областей, включая финансы (например, фондовые рынки [16]), мониторинг процессов (например, телекоммуникационные системы [19]), медицину (например, биосигналы. или электронные истории болезни [2]), геолого-геофизические исследования (например, метеорологические или геологические измерения [26]) и мобильные датчики [15].Данные из таких доменов часто могут быть представлены как последовательности событий , , то есть последовательности меток, которые соответствуют различным событиям, связанным с меткой времени возникновения события. Многие процессы генерируют такие последовательности естественным образом, или сигнал низкого уровня может быть преобразован в последовательность событий с помощью подходящего метода, такого как SAX [25].

При наличии нескольких выровненных по времени последовательностей событий важной проблемой является обнаружение сходства между ними, что позволяет обнаруживать лежащие в основе шаблоны более высокого уровня в данных.К этой проблеме подошли с использованием нескольких различных методов, таких как сегментация [3], обнаружение мотивов [29] и кластеризация [12, 14, 31]. Поиск сходства становится более сложной задачей, когда последовательности событий нестационарны, что часто имеет место в реальных прикладных областях, таких как волатильные фондовые рынки или быстро меняющиеся потоки в социальных сетях. В наборе нестационарных последовательностей событий возникают интересные локальные закономерности, когда подмножества последовательностей событий синхронизируются и десинхронизируются в течение коротких периодов времени.Следовательно, разные последовательности событий связаны друг с другом в разные периоды времени, образуя группы внутренне связанных последовательностей. Что еще более важно, эти группы не статичны, но они также могут развиваться со временем.

В этой статье мы изучаем следующую проблему: с учетом нескольких последовательностей событий, идентифицировать непрерывные временные сегменты, где подгруппы этих последовательностей демонстрируют аналогичное поведение . Эта формулировка является общей и выходит за рамки современных проблем кластеризации и сегментации последовательностей, поскольку цель состоит в том, чтобы идентифицировать подгруппы сегментов последовательностей, которые разделяют доминирующие локальные тенденции.Такие подгруппы могут выявить локальные временные сходства и зависимости между последовательностями, принадлежащими одной и той же подгруппе, которые в противном случае были бы скрыты глобальными тенденциями и структурой последовательностей. Наша проблема применима к нескольким доменам. Например, при анализе фондового рынка мы можем захотеть выделить подгруппы акций, которые демонстрируют схожие тенденции в разные периоды времени. Выявление таких групп тенденций и зависимостей может дать понимание и выявить потенциальные основные социально-экономические события, частично влияющие на рынок.

Мы подходим к нашей проблеме как к задаче разбиения матрицы , где последовательности событий компактно представлены в виде матрицы, где каждая строка содержит последовательность событий, а каждый столбец соответствует моменту времени. Следовательно, наша задача теперь становится эквивалентной поиску тайлов в матрице. Плитка состоит из последовательного диапазона столбцов (моментов времени) и произвольного набора строк (последовательностей событий) входной матрицы. В отличие от плиток, которые являются полностью геометрическими (строки и столбцы должны быть последовательными) или комбинаторными (строки и столбцы могут быть выбраны произвольно), мы называем наши плитки полугеометрическими , поскольку только одно измерение (время) должно образовывать непрерывный сегмент.Таким образом, полугеометрический тайл представляет собой группу, образованную подмножеством последовательностей событий, разделяющих одну и ту же доминирующую особенность на протяжении всего тайла. Мы проиллюстрируем наш подход на примере с данными фондовых индексов.

Пример. На Рисунке 1 показаны дневные значения закрытия десяти фондовых индексов в 1995–2000 гг. Сегменты, представляющие модели экономического спада, показаны в (а), а сегменты экономического роста показаны в (б). Процесс дискретизации, используемый для этого набора данных, подробно описан в Разд.4. Каждая из четырех панелей показывает тайлов фондовых индексов с использованием алгоритмов MaxTile и GlobalTile, представленных в этой статье. Вертикально выровненные сегменты одного цвета принадлежат одной и той же плитке и представляют область, в которой серия событий разделяет доминирующий элемент; здесь экономический рост или упадок. Точнее, цветные плитки на (a) представляют сегменты экономического спада, тогда как на (b) плитки представляют сегменты с экономическим ростом. Применение предложенного метода тайлинга позволяет нам обнаруживать интересные временные закономерности в данных, которые можно объяснить экономико-политическими событиями.Например, все алгоритмы здесь обнаруживают одновременный экономический спад из-за экономического кризиса в России осенью 1998 года (и одновременный отскок в конце того же года). 1.

(а) Периоды экономического спада (фондовые индексы (падение)) и (б) роста (фондовые индексы (рост)) для 10 различных фондовых индексов. Цветные области идентифицируются с использованием алгоритмов, представленных в этой статье. Горизонтальная ось показывает дни между 1995–2000 годами. Вертикально выровненные сегменты одного цвета являются частью одной плитки.Обратите внимание, что плитки во время спада на рисунке (a) не перекрываются с плитками во время роста на рисунке (b). (Цветной рисунок онлайн)

Сопутствующие работы. Проблема поиска областей в матрицах данных с характеристическими свойствами широко изучалась во многих контекстах; например, бикластеризация (например, [5, 14]), сегментация (например, [12]), мозаика (например, [10, 11, 21, 33]) и потоки данных (например, [22]). Проблема, изучаемая в этой статье, отличается от традиционных задач бикластеризации и мозаики в том смысле, что, хотя нас интересует одновременная кластеризация измерений (строк) по времени (столбцы) на основе заданного признака подобия данных, нам нужны столбцы в плитка должна быть последовательной.Как обсуждается ниже, временное упорядочение оказывает значительное влияние на вычислительную эффективность и реализацию алгоритмов. В предыдущей работе по столбцово-когерентным бикластерам (см., Например, [23, 27, 34]) специфическая структура навязывается на структуру столбцов структуры кластеров. Проблема локальных корреляционных паттернов, обсуждаемая в [32], связана, но относится к локальным корреляциям во времени, а не к точности тайлов. В отличие от них, мы определяем качество наших плиток с точки зрения точности и отзывчивости и формулируем задачу поиска плитки как проблему покрытия, которая позволяет нам опираться на существующие эффективные алгоритмы.

Взносов. В этой статье мы вводим и формулируем новую проблему полугеометрического разбиения последовательностей событий и представляем два алгоритма ее решения. Первый алгоритм, называемый MaxTile, представляет собой жадный подход, основанный на проблеме множественного покрытия, в то время как второй алгоритм, называемый GlobalTile, использует динамическое программирование. Кроме того, мы вводим три показателя для оценки качества мозаики. Мы также обсуждаем сложность проблемы и показываем ее связь с двумя хорошо известными \ (\ mathbf {NP} \) — сложными проблемами.Наконец, мы демонстрируем полезность предлагаемых методов посредством обширной эмпирической оценки как реальных, так и синтетических наборов данных.

Тайлинг на основе последовательности Перрина

Плитки на основе Последовательность Перрина

Последовательность Перрина состоит из целых чисел 3, 0, 2, 3, 2, 5, 5, 7, 10, … и т. д., удовлетворяющих условию рекуррентное соотношение s n = s n − 2 + s n − 3 .Мы хотим построить непериодическое замощение плоскости с соответствующими характеристический многочлен p (x) = x 3 — x — 1. Односторонний сделать это с помощью бесконечной геометрической последовательности равносторонних треугольников в виде спирали, называемой золотым пятиугольником. Однако, если мы хотим, чтобы мозаика состояла только из конечного числа различных типы плитки, нам нужно использовать другой подход. Следуя методу описано в предыдущем примечании по непериодических мозаик, ищем систему уравнений площади с характеристический кубический многочлен Q такой, что Q (x 2 ) = −p (−x) p (x).Это приводит к

, для которого у нас

Отсюда мы видим, что след системы уравнений площади равен 2, а поскольку коэффициенты площади должны быть неотрицательными целыми числами, возможны только 2 + 0 + 0 и 1 + 1 + 0.В первый из них не имеет общего решения в неотрицательных целых числах, поэтому след раздел должен быть 1 + 1 + 0. Следовательно, обозначая B, G и Y площади три различных типа плитки, система уравнений площади имеет вид

С точки зрения неизвестного коэффициенты характеристический многочлен

Определение этого многочлена с Q (λ) имеем условия

Продукция трех коэффициенты во втором условии не могут оба равняться нулю, потому что каждый коэффициент должен быть неотрицательным целым числом, поэтому последние два члена во втором условие не может быть равно 1.Следовательно, единственное решение (с точностью до симметрии) задается формулами c 12 = c 23 = c 31 = 0 и c 21 = c 32 = c 13 = 1. Кроме того, доминирующее собственное значение λ уравнения площади — это квадрат масштабного коэффициента σ, поэтому площадь уравнения

где σ = 1.3247179572447 … является корнем из p (σ) = σ 3 — σ — 1. Это означает, что надутый синий тайл состоит из одного Синяя и одна желтая плитка. Также надутая зеленая плитка состоит из одного Синяя и одна зеленая плитка. Наконец, надутая желтая плитка идентична Голубая плитка.

Плитки G и Y имеют такая же форма, и мы знаем, что когда G добавляется к B, получается такая же форма.Кроме того, мы знаем, что когда Y добавляется к B, получается еще один фигура похожа на B. Если все эти формы являются треугольниками, все они должны быть подобные прямоугольные треугольники, и мы можем расположить их схематично, как показано ниже.

Необходимое и достаточное условием для совмещения этих форм требуемым образом является угол α так, чтобы b / 2 = c / d.У нас

и, следовательно,

Подставляя [1 − cos (α) 2 ] / cos (α) 2 для tan (α) 2 и очищая знаменатель, получаем

Это показывает, что секанс (величина, обратная косинусу) α равна масштабному коэффициенту σ, потому что это положительный действительный корень характеристического многочлена x 3 — х — 1.Числовое значение α = 0,71532875 … радиан. (около 40,985 … градусов). Таким образом, мы приходим к плиткам, заданным тремя одинаковыми прямоугольные треугольники с углами и длинами ребер, показанными на рисунке ниже.

Начиная с сингла Синюю плитку мы можем надуть на коэффициент s и разделить на одну синюю и одна желтая плитка.Затем мы можем снова надуть, и желтая плитка станет Зеленая плитка, и мы можем подразделить синюю плитку на желтую и синюю. И скоро. Если мы позволим b n , g n и y n обозначить количество синих, зеленых и желтых плиток соответственно на n-м этапе, мы имеют повторения, заданные транспонированием уравнений площади, т. е.

Количество плиток три типа на первых нескольких уровнях показаны ниже.

Каждая последовательность индивидуально удовлетворяет рекуррентности третьего порядка s n = 2s n − 1 — s n − 2 + s n − 3 , а также четвертого порядка повторение s n = s n − 1 + s n − 2 + s n − 4 , за счет факторизации квартики

Асимптотически возрастают члены с коэффициентом λ = σ 2 на каждом шаге, и мы видим, что y n = b n − 1 и g n = b n − 1 + б п − 3 .Следовательно, доли плиток каждого типа при n уходит в бесконечность

где T n = b n + g n + y n . Подставляя σ 2 вместо λ и используя тождество σ 3 = σ + 1, эти асимптотические отношения уменьшаются до

Имеют значения 0.430159 …, 0,324717 … и 0,245122 … соответственно. Приравнивая сумму эти дроби к 1 дают указанную выше квартику.

Между прочим, совокупные суммы последовательности b n дают g n последовательность, а совокупные суммы последовательности g n дают значения которые на единицу меньше, чем последовательность b n , поэтому эти две последовательности почти двойники трансформ друг друга.

На рисунке ниже показан облицовка произведена на 11 этапе, который состоит из 200 синих плиток, 151 Зеленые плитки и 114 желтых плиток в соответствии с таблицей, приведенной ранее.

Интересно осмотреть разнообразие прямоугольных расположений, появляющихся в этой плитке.Плитки не все соединяются «вершина в вершину», но есть только конечное число много различных стыков рёбер, и мы могли бы просто определить дополнительные вершины (с углами π) по ребрам так, чтобы обеспечить переход от вершины к вершине присоединение.

Как альтернатива инфляции / перегородки метода, эти мозаики также могут быть сгенерированы путем построения трех последовательностей начиная с отдельных синих, зеленых и желтых плиток соответственно, и затем объединяя их, чтобы произвести последующие поколения.Поскольку зеленый последовательность, по сути, просто копия Желтого, нам действительно нужно только два последовательности.

Другой тайлинг на основе Последовательность Перрина можно построить, используя равносторонние треугольники и золотые пятиугольники. Каждую из этих двух форм можно разделить на меньшие версии такие же формы, как показано ниже.

Последовательные ребра синие пятиугольники находятся в соотношении 1: σ: σ 2 : σ 3 : σ 4 : σ 5 , где σ — действительный корень из x 3 — x — 1 = 0.Если мы пусть T j для j = 1,2, .., 5 обозначает равносторонний треугольник с ребром длина σ j , а P — золотой пятиугольник с наименьшей длиной ребра 1, то путем разбиения и раздувания имеем замены

Начиная с одиночного Т 5 tile, количество различных типов плиток после n этапов надувания и раздел даны по

Характеристика полином этого уравнения равен

Первый фактор — это просто «инверсия» многочлена Перрина (т.е., имеет обратную корни), а второй множитель совпадает с многочленом Q (λ) обсуждалось ранее. Другими словами, Q (x 2 ) = −p (−x) p (x) где p — многочлен Перрина. После десяти стадий инфляции и разделения, мы приходим к расположению 469 плиток, показанному ниже.

Это содержит 45 плиток тип Т 1 (темно-зеленый), 28 тип Т 2 (голубой), 60 шт. тип T 3 (красный), 144 типа T 4 (светло-зеленый), 84 если тип T 5 (желтый) и 108 типа P (темно-синий).Асимптотические числа плиток этих типов пропорциональны σ 2 , 1, σ 3 , σ 6 , σ 4 и σ 5 соответственно, и, таким образом, общее количество плиток пропорционально 4 + 5σ + 4σ 2 .

Возврат в главное меню MathPages

Распутывание взаимодействий праймеров улучшает секвенирование генома SARS-CoV-2 с помощью мультиплексной мозаичной ПЦР

Abstract

С декабря 2019 года коронавирусное заболевание 2019 года (COVID-19), вызванное новым коронавирусом SARS-CoV-2, быстро распространилось почти во все страны мира.Вскоре после того, как эпидемиологи признали пандемию, группа биологов, входящая в сеть ARTIC, разработала протокол мультиплексной полимеразной цепной реакции (ПЦР) и набор праймеров для целевой полногеномной амплификации SARS-CoV-2. Набор праймеров ARTIC амплифицирует 98 ампликонов, которые разделяются только в двух ПЦР, почти на всем вирусном геноме. Исходный набор праймеров и протокол показали довольно небольшое смещение амплификации при использовании клинических образцов с относительно высокой вирусной нагрузкой.Однако, когда вирусная нагрузка образца стала низкой, наблюдалось быстрое снижение численности нескольких ампликонов. В этом отчете мы покажем, что образования димеров между некоторыми праймерами являются основной причиной систематической ошибки покрытия при мультиплексной ПЦР. На основании этого мы предлагаем в общей сложности 12 альтернативных праймеров в наборе праймеров ARTIC, которые, как было предсказано, участвуют в 14 взаимодействиях праймеров. Полученный набор праймеров, версия N1 (NIID-1), демонстрирует улучшенное общее покрытие по сравнению с исходным (V1) и модифицированным (V3) наборами праймеров ARTIC Network.

Образец цитирования: Итокава К., Секизука Т., Хашино М., Танака Р., Курода М. (2020) Распутывание взаимодействий праймеров улучшает секвенирование генома SARS-CoV-2 с помощью мультиплексной мозаичной ПЦР. PLoS ONE 15 (9): e0239403. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0239403

Редактор: Руслан Календар, Университет Хельсинки, ФИНЛЯНДИЯ

Поступило: 17 июня 2020 г .; Одобрена: 5 сентября 2020 г .; Опубликовано: 18 сентября 2020 г.

Авторские права: © 2020 Itokawa et al.Это статья в открытом доступе, распространяемая в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution License, которая разрешает неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии указания автора и источника.

Доступность данных: Последовательности всех альтернативных праймеров описаны в файлах вспомогательной информации. Полный набор последовательностей праймеров в N1, включая неизмененные праймеры, депонирован в https://github.com/ItokawaK/Alt_nCov2019_primers.

Финансирование: Это исследование было поддержано грантом Японского агентства медицинских исследований и разработок (AMED) под номером гранта JP19fk0108103 и JP19fk0108104. Финансирующие организации не играли никакой роли в дизайне исследования, сборе и анализе данных, принятии решения о публикации или подготовке рукописи.

Конкурирующие интересы: Авторы заявили, что никаких конкурирующих интересов не существует.

Введение

Наблюдение в реальном времени за последовательностями генома патогена во время вспышки позволяет отслеживать многочисленные эпидемические факторы, такие как адаптация патогена и цепи передачи в локальном и даже глобальном масштабе [1, 2].С тех пор как он был впервые обнаружен в Хубэе, Китай, в декабре 2019 года [3], новый коронавирус SARS-CoV-2, ответственный за атипичное респираторное заболевание COVID-19, стал серьезной проблемой для медицинского сообщества во всем мире. Относительно большой размер генома вирусов короны (около 30 т.п.н.) и различные уровни вирусной нагрузки в клинических образцах затрудняют реконструкцию всего вирусного генома простым и экономичным способом. В январе 2020 года группа биологов, вошедшая в сеть ARTIC (https: // artic.network /), разработали 196 праймеров (98 пар) (https://github.com/artic-network/artic-ncov2019/tree/master/primer_schemes/nCoV-2019/V1) для целевой амплификации SARS-CoV-2 геном с помощью мультиплексной ПЦР. Эти праймеры и метод были основаны на инструменте разработки праймеров Primal Scheme и лабораторном протоколе PrimalSeq, который был ранее разработан для секвенирования геномов вспышек РНК-вирусов непосредственно из клинических образцов с использованием портативного секвенатора нанопор или других платформ NGS [4, 5]. Набор праймеров ARTIC для SARS-CoV-2 (в дальнейшем, набор праймеров ARTIC V1) предназначен для тайлинга ампликонов почти по всей последовательности опубликованного эталонного генома SARS-CoV-2 MN7.3 [6]. 98 пар праймеров разделены на два отдельных подмножества (пулы 1 и 2), так что перекрытие между фрагментами ПЦР не происходит в одной и той же реакции.

Набор праймеров ARTIC V1 и опубликованный протокол [7] хорошо работали для образцов с относительно высокой вирусной нагрузкой (Ct <25 в клинических тестах qPCR). Для этих образцов все обозначенные ампликоны амплифицируются с приемлемым уровнем систематической ошибки покрытия для последующего анализа NGS. Однако по мере снижения вирусной нагрузки в выборке наблюдалось постепенное увеличение общей систематической ошибки охвата.Хотя это явление обычно ожидается в такой высоко мультиплексированной ПЦР, покрытие для двух конкретных ампликонов ПЦР, 18 и 76, уменьшается гораздо быстрее, чем для других мишеней (рис. 1A). По нашему опыту, глубина от низкой до нулевой для этих двух ампликонов была наиболее частым узким местом при использовании набора праймеров ARTIC V1 для секвенирования всех целевых геномных областей из образцов со средней и низкой вирусной нагрузкой (Ct> 27). Поскольку ампликон 18 перекрывает ген неструктурного белка 3 (nsp3) в ORF1a, который необходим для сборки комплекса репликаза-транскриптаза, а ампликон 18 перекрывает ген белка spike (S), который опосредует связывание рецептора и вирусное связывание. слияние клеток [8], успешное секвенирование этих областей потенциально важно для исследований, позволяющих понять эволюцию патогенности и инфекционности вируса.Однако в ситуации с большой систематической ошибкой охвата при секвенировании генома, такой как показано на рис. 1A, требуются чрезмерные усилия по секвенированию для получения последовательностей вирусного генома без пробелов или с небольшим количеством пробелов. Таким образом, минимизация общей систематической ошибки охвата принесет пользу исследовательскому сообществу как за счет обеспечения большего мультиплексирования при заданной способности секвенирования, так и за счет снижения стоимости секвенирования для каждого образца.

Рис. 1. Выпадение ампликонов 18 и 76 из-за взаимодействия праймеров.

Примеры графика глубины для (A) исходного набора праймеров ARTIC V1 и (B) V1 с заменой 76_RIGHT для того же клинического образца (ранее депонированного в GISAID с идентификатором EPI_ISL_416596, Ct = 28.5, 1/25 входа на реакцию). Области, покрытые ампликонами с модифицированным праймером (76_RIGHT) и взаимодействующим праймером (18_LEFT), выделены зеленым и оранжевым цветами соответственно. Для всех данных чтения были подвергнуты пониженной выборке, чтобы нормализовать средний охват до 250X. Горизонтальная пунктирная линия указывает глубину = 30. Эти два эксперимента были проведены с одной и той же основной смесью ПЦР (за исключением праймеров) и в одном и том же цикле ПЦР в одном и том же термоциклере.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0239403.g001

В этом отчете мы сначала показываем, что резкое выпадение ампликонов 18 и 76 было связано с образованием единственного димера между прямым праймером для ампликона 18 и обратным праймером для ампликона 76. Замена один из двух взаимодействующих праймеров разрешил выпадение обоих ампликонов. Мы также обнаружили еще 13 других потенциальных взаимодействий праймеров, которые могут быть ответственны за низкий охват в других регионах, покрытых затронутыми ампликонами. Наш модифицированный набор праймеров, версия N1 (NIID-1), который включает 12 замен праймеров из набора праймеров ARTIC V1, позволил улучшить общий охват генома в клинических образцах по сравнению с V1 и другим модифицированным набором праймеров, V3.Результаты показали, что предотвращение образования димеров праймеров является эффективной мерой для улучшения систематической ошибки покрытия в протоколе секвенирования генома SARS-CoV-2 ARTIC Network и может быть применимо к другим методам PrimalSeq в целом.

Результаты и обсуждение

В исходном наборе праймеров ARTIC V1 ампликоны ПЦР 18 и 76 были амплифицированы парами праймеров 18_LEFT & 18_RIGHT и 76_LEFT & 76_RIGHT соответственно. Эти праймеры были включены в одну и ту же мультиплексную реакцию «Пул 2.Мы заметили, что два из этих праймеров, 18_LEFT и 76_RIGHT, были идеально комплементарны друг другу по 10 нуклеотидов на их 3′-концах (рис. 1). Действительно, мы наблюдали чтения NGS, полученные из предсказанного димера в необработанных данных FASTQ. Из этого наблюдения мы пришли к выводу, что резкое выпадение этих ампликонов было связано с взаимодействием между 18_LEFT и 76_RIGHT, которые могли конкурировать за амплификацию обозначенных мишеней. Затем мы заменили один из двух взаимодействующих праймеров, 76_RIGHT, в реакции Пула 2 новым разработанным праймером 76_RIGHTv2 (5′-TCTCTGCCAAATTGTTGGAAAGGCA-3 ‘), который расположен на 48 нуклеотидов ниже 76_RIGHT.На рис. 1A и 1B показан охват, полученный с набором V1 и набором V1 с 76_RIGHT, замененным на 76_RIGHTv2 для кДНК, выделенной из клинического образца, полученного во время вспышки COVID-19 на круизном лайнере, который был ранее проанализирован (EPI_ISL_416596) [9]. Замена праймера резко улучшила глубину считывания в областях, покрытых ампликонами 18 и 76, без каких-либо заметных побочных эффектов. Замена праймера 76_RIGHT улучшила покрытие не только для ампликона 76, но также и для 18, подтверждая гипотезу о том, что взаимодействие одного праймера вызывает выпадение обоих ампликонов.

Учитывая это наблюдение, мы идентифицировали дополнительные 13 взаимодействий праймеров, используя анализ in silico (рис. 2A и 2B). Те взаимодействия праймеров, предсказанные алгоритмом PrimerROC [10], который дал наивысший балл для взаимодействия между 18_LEFT и 76_RIGHT среди всех 4743 возможных взаимодействий, вероятно, были задействованы в обеспечении низкого покрытия, часто наблюдаемого в наших рутинных экспериментах. Затем мы разработали дополнительные 11 альтернативных праймеров, в результате чего был получен новый набор праймеров [ARTIC primer set ver.NIID-1 (N1)], включая 12 замен праймеров из исходного набора праймеров V1 (таблица S1). Набор праймеров N1 устранил все взаимодействия, показанные на рис. 2A, и ожидалось, что он улучшит амплификацию до 22 ампликонов (1, 7, 9, 13, 15, 18, 21, 29, 31, 32, 36, 38, 45, 48, 54, 59, 66, 70, 73, 76, 85 и 89). Наряду с этой модификацией ARTIC Network сама выпустила еще одну модифицированную версию набора праймеров, известную как V3, в 24 ^th March 2020 [11] после того, как мы сообщили о нашем результате по замене праймера 76_RIGHT в препринте [12].Набор праймеров V3 включал 22 дополнительных праймера, которые были непосредственно добавлены в набор праймеров V1, чтобы способствовать амплификации 11 ампликонов (7, 9, 14, 15, 18, 21, 44, 45, 46, 76 и 89). .

Рис. 2. Прогнозируемые взаимодействия праймеров.

(A) 14 предполагаемых взаимодействий праймеров, подвергшихся модификации в этом исследовании. Праймеры, замененные в наборе праймеров N1 (таблица S1), показаны зеленым. (B) Графики скрипки, показывающие распределения баллов димеров (ΔG ближайшего соседа, скорректированная эмпирически определенными штрафными и бонусными баллами [10]) для всех гетеродимеров в пулах 1 и 2, сообщенных алгоритмом PrimerROC (n = 4743 для каждого пула) .Баллы взаимодействий, изображенные на фиг. 2A, нанесены на график в виде точек разброса.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0239403.g002

Мы сравнили эффективность исходного набора праймеров (V1) и двух модифицированных наборов праймеров (V3 и N1), наблюдая за их реакцией на различные отжигы / температуры удлинения ( Ta, ) в термической программе (98 ° C в течение 30 секунд, затем 30 циклов 98 ° C в течение 15 секунд и Ta, ° C в течение 5 минут) с использованием градиентной функции термоциклера.Мы предположили, что этот эксперимент с градиентной температурой позволит нам изучить динамику эффективности усиления для каждого ампликона при различных условиях отжига. В общем, ожидалось, что ампликоны, страдающие от взаимодействия праймеров, будут быстро падать по мере уменьшения Ta . На рис. 3 показано количество 98 ампликонов при восьми различных Ta , в диапазоне от 63,1 до 68,6 ° C, с использованием того же разведения из образца кДНК с высокой вирусной нагрузкой (Ct = 16,0), которое ранее было получено от пациентов во время исследования. Последовательность вспышек на круизном лайнере (EPI_ISL_416584).С набором праймеров V1 ампликоны 18 и 76 показали чрезвычайно низкое покрытие для всех значений Ta с лишь небольшим улучшением при температуре выше 67 ° C. В дополнение к этим двум ампликонам, многие другие ампликоны продемонстрировали пониженное покрытие в этом более низком диапазоне Ta . Большинство этих ампликонов были связаны с предсказанными взаимодействиями праймеров, изображенными на фиг. 2A. Хотя выпадение ампликонов 18 и 76 разрешилось с помощью набора праймеров V3, многие ампликоны по-прежнему имели низкий охват в области Ta с низким уровнем .По сравнению с наборами праймеров V1 и V3 модификации в наборе праймеров N1 привели к повышению устойчивости покрытия в более широком диапазоне Ta для соответствующего ампликона. Улучшение, однако, сделало потенциально слабые ампликоны 74 и 98 более очевидными (рис. 3). Численность ампликонов 74 постепенно уменьшалась с уменьшением Ta , напротив, численность ампликонов уменьшалась с увеличением Ta . Эти ампликоны казались одинаково слабыми во всех трех наборах праймеров, а не специфичными в наборе праймеров N1.До сих пор мы еще не идентифицировали взаимодействия с участием праймеров для этих ампликонов. Градиентный эксперимент также выявил относительно узкий диапазон оптимальной температуры для Ta, для набора праймеров V1 и V3, около 65 ° C, который был расширен для набора праймеров N1. Тем не менее, хотя Ta = 65 ° C является хорошей отправной точкой, точная настройка этого значения может помочь улучшить качество секвенирования, поскольку даже небольшая разница между термоциклерами, такая как систематическая и / или межскважинная разница в точности и занижение или превышение может повлиять на результаты мультиплексной ПЦР [13].Наконец, мы дополнительно сравнили наборы праймеров V1, V3 и N1 для трех других клинических образцов с относительно низкой вирусной нагрузкой, используя стандартную температурную программу ( Ta, = 65 ° C). Во всех трех клинических образцах (фиг. 4A и S1 фиг.) Набор праймеров N1 показал наиболее равномерное распределение покрытия. Ампликоны, для праймера которых было предотвращено образование димера (фиг. 2A) с помощью модификации праймера в этом исследовании, показали значительно улучшенное покрытие по сравнению с V1 до N1 (фиг. 4B).

Рис 3.Реакция на разные температуры отжига / растяжения.

Обилие 98 ампликонов при 8 различных температурах отжига / удлинения с тремя разными наборами праймеров на одном и том же клиническом образце (ранее депонированных в GISAID с ID EPI_ISL_416584, Ct = 16, 1/300 ввода на реакцию). Для всех данных чтения были подвергнуты понижающей выборке, чтобы нормализовать средний охват до 500X перед анализом. Зеленые линии и точки указывают количество ампликонов, праймеры которых в наборе праймеров V1 были подвергнуты модификации в наборе праймеров N1.Оранжевые линии и точки указывают количество ампликонов, праймеры которых не были модифицированы, но, по прогнозам, устраняются из-за неблагоприятных взаимодействий праймеров в наборе праймеров N1. Остальные ампликоны, не подвергшиеся модификации, обозначены черными линиями и точками. На графиках в левом столбце показаны результаты для всех 98 ампликонов, в то время как на графиках в правом столбце показаны только ампликоны, подвергшиеся модификации. Горизонтальная пунктирная линия указывает количество фрагментов = 30. Красные вертикальные линии показывают нормальную температуру отжига / растяжения, 65 ° C.Все эти эксперименты проводились с одной и той же мастер-смесью ПЦР (за исключением праймеров) и в одном и том же цикле ПЦР в одном и том же термоциклере.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0239403.g003

Рис. 4. Сравнение производительности трех наборов мультиплексных ПЦР праймеров.

(A) Глубинный график исходного (V1) и двух модифицированных наборов праймеров ARTIC (V3 и N1) на одном и том же клиническом образце (ранее депонированных в GISAID с ID EPI_ISL_416596, Ct = 28,5, 1/25 ввода на реакцию).Области, покрытые ампликонами с модифицированными праймерами и с немодифицированными, но взаимодействующими праймерами, выделены зеленым и оранжевым цветом соответственно. Для всех данных чтения были подвергнуты пониженной выборке, чтобы нормализовать средний охват до 250X. Горизонтальная пунктирная линия указывает глубину = 30. Эти два эксперимента были проведены с одной и той же основной смесью ПЦР (за исключением праймеров) и в одном и том же цикле ПЦР в одном и том же термоциклере. (B) График вулкана для покрытий всех 98 ампликонов в ПЦР с использованием набора праймеров N1 по сравнению с ПЦР с использованием набора праймеров V1 среди трех клинических образцов (показаны на фиг. 4A и S1 фиг.).Точки зеленого цвета обозначают ампликоны, праймеры которых подлежали замене. Точки с оранжевым цветом указывают на ампликоны, праймеры которых не были заменены, но предположительно взаимодействовали с любым из замененных праймеров, как показано на фиг. 2A.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0239403.g004

Результаты этого исследования указывают на важность дизайна праймеров, который предотвращает образование димеров для подхода PrimalSeq. Мы считаем, что это понимание будет полезно, особенно когда в будущем потребуется пересмотр набора праймеров (для V3 или N1), чтобы справиться с постоянно растущим разнообразием геномов SARS-CoV-2 (https: // nextstrain.org / ncov).

Выводы

Образование димеров праймеров является основной причиной систематической ошибки охвата в протоколе мультиплексной ПЦР ARTIC Network для секвенирования генома SARS-CoV-2. Устранение этих проблемных взаимодействий праймеров улучшает охват последовательностей и, вероятно, повысит качество секвенирования генома для SARS-CoV-2 и других вирусов на основе протокола PrimalSeq.

Материалы и методы

Дизайн альтернативных грунтовок

Праймер nCoV-2019_76_RIGHTv2 был переработан с использованием программного обеспечения PRIMER3 [14], установившего 65 ° C как оптимальную Tm и 20 нуклеотидов как оптимальную длину.Другие альтернативные праймеры были в основном переработаны, просто сдвинув их положение на несколько нуклеотидов к 5′-концам. Для праймеров 36_LEFTv2 и 38_RIGHTv2 применяли удлинение на 5′-конце, чтобы установить температуру диссоциации среды ( Tm ), прогнозируемую инструментом веб-сайта NEB (https://tmcalculator.neb.com/) выше 63 ° C. Праймер 66_LEFTv2 (Tm = 69 ° C) был сконструирован путем удаления трех нуклеотидов на 3′-концах из 66_LEFT (Tm = 68 ° C) без сдвига положения, поскольку эта операция не приводила к снижению Tm.См. Подробности модификаций праймеров, указанных в таблице S1. Все новые праймеры были оценены с помощью PrimerROC [10] (http://www.primer-dimer.com/), чтобы гарантировать отсутствие значительных взаимодействий с остальными праймерами. Все последовательности праймеров, включенные в набор праймеров N1, и информация об их геномных положениях были депонированы по адресу https://github.com/ItokawaK/Alt_nCov2019_primers. Все праймеры, использованные в этом исследовании, были синтезированы как степень очистки OPC компанией Eurofins Genomics в Японии.

образцов кДНК и мультиплексная ПЦР

Четыре образца кДНК, полученные из клинических образцов во время вспышки COVID-19 на круизном лайнере в феврале 2020 года [9], были повторно использованы в этом исследовании.Использование человеческих образцов было одобрено комитетом по этике исследований Национального института инфекционных болезней (разрешение № 1091). Он был проведен в соответствии с принципами Хельсинкской декларации, в соответствии с Законом Японии о профилактике инфекций и медицинской помощи пациентам с инфекциями. Этический комитет отказался от письменного согласия на исследование последовательности вирусного генома. Персональные данные, относящиеся к клинической информации, были анонимными, и наша процедура не требует письменного согласия всех пациентов, страдающих COVID-19.КДНК была синтезирована из РНК мазков из глотки, положительных по SARS-CoV-2, обнаруженных с помощью анализа ОТ-ПЦР в реальном времени [15]. Обратную транскрипцию проводили с использованием протокола, опубликованного ARTIC Network [7], а затем разводили в 5 раз с помощью H ₂ О. Для эксперимента с температурным градиентом на рис. 3 использовали кДНК из очень высокой вирусной нагрузки (Ct = 16,0 ) дополнительно разбавляли в 25 раз H ₂ O и использовали для реакций ПЦР. Это разбавление и уменьшение объема реакции ПЦР, как описано ниже, сделало количество введенной кДНК прибл.1/300 на реакцию по сравнению с исходным протоколом ARTIC Network [7]. Для экспериментов, изображенных на рис. 1 и 4, три кДНК из клинических образцов с умеренной вирусной нагрузкой (Ct = 26,5–28,5) были дополнительно разбавлены в 2 раза H ₂ O, чтобы обеспечить возможность проведения нескольких экспериментов с одним и тем же образцом. Это разбавление и уменьшение объема реакции ПЦР сделали количество введенной кДНК прибл. 1/25 на реакцию по сравнению с исходным протоколом ARTIC Network. Для мультиплексных реакций ПЦР 1 мкл разведенной кДНК использовали в 10 мкл реакционной смеси набора для ДНК-полимеразы Q5 Hot START (NEB) (2 мкл 5-кратного буфера, 0.8 мкл 2,5 мМ dNTP, 0,1 мкл полимеразы и 0,29 мкл 50 мкМ смеси праймеров, доведенных водой milli-Q до 10 мкл). Термальная программа была идентична исходному протоколу ARTIC: 30-секундная активация полимеразы при 98 ° C с последующими 30 циклами 15-секундной денатурации при 98 ° C и 5-минутный отжиг и удлинение при 65 ° C (или переменные значения в градиентном режиме) в Thermal Cycler Dice ® ​​(Takara Bio). Продукты ПЦР в реакциях Пула 1 и 2 для одних и тех же клинических образцов были объединены и очищены с помощью 1X концентрации AMPureXP.

Секвенирование

Очищенный продукт ПЦР подвергали подготовке библиотеки Illumina с использованием набора библиотеки QIAseq FX (Qiagen) в масштабе 1/4 и с использованием времени фрагментации 6 мин [16]. После лигирования адаптера со штрих-кодом библиотеки нагревали до 65 ° C в течение 20 минут для инактивации лигазы, а затем все библиотеки объединяли в пробирку на 1,5 мл. Объединенную библиотеку сначала очищали с помощью AMPureXP при концентрации 0,8X, а затем снова при концентрации 1,2X. Очищенную библиотеку секвенировали в течение 151 цикла на обоих парных концах в Illumina iSeq100.

Анализ покрытия и глубины

Полученные чтения были сопоставлены с эталонным геномом SARS-CoV-2 MN7.3 [6] с использованием bwa mem [17]. Функция depth в samtools [18] с опцией «aa» использовалась для определения покрытия в каждой базовой позиции. Затем опция «s» функции samtools view использовалась для подвыборки чтений из каждого отображения данных для нормализации.

Для расчета охвата (количества фрагментов) на один ампликон ПЦР, 98 репрезентативных нуклеотидов (приложение S1), каждый из которых уникален для 98 ампликонов, амплифицированных набором праймеров V1 или N1, были определены во избежание дублирования подсчета одинаковых молекул ампликона, которые были фрагментированы при приготовлении библиотеки. .Эти репрезентативные нуклеотиды также находятся в перекрывающихся областях, где амплифицируются исходные и соответствующие альтернативные праймеры в наборе праймеров V3 (например, нуклеотид для продукта 7 перекрывается с обоими ампликонами, амплифицированными с помощью 7_LEFT & 7_RIGHT и 7_LEFT_alt0 & 7_LEFT_alt5). Положения начального и конечного сопоставления целых последовательностей вставок считываний с парным концом определялись функцией bamtobed ​​ в bedtools [19] с опцией «bedpe». Число фрагментов вставки, перекрывающих каждый определенный репрезентативный нуклеотид, подсчитывали с помощью функции охват в программных средствах.Вставки фрагментов неожиданно большой длины (> 500 п.н. от начала до конца) были отфильтрованы из анализа. Подсчеты глубины были обобщены и визуализированы с использованием библиотеки python3.6 и matplotlib [20]. Анализ дифференциального охвата был проведен с помощью пакета edgeR [21, 22] в R v3 [23] для трех клинических образцов в виде парного дизайна.

Вспомогательная информация

S1 Рис. Сравнение производительности трех наборов мультиплексных ПЦР праймеров.

Графики глубины исходного (V1) и двух модифицированных наборов праймеров ARTIC (V3 и N1) для двух клинических образцов (недавно депонированных в GISAID с ID EPI_ISL_416749, Ct = 27.3 для A и ранее депонированный с ID EPI_ISL_416596, Ct = 26,5 для B, каждое 1/25 ввода на реакцию). Области, покрытые ампликонами с модифицированными праймерами и с немодифицированными, но взаимодействующими праймерами, выделены зеленым и оранжевым цветом соответственно. Для всех данных чтения были подвергнуты пониженной выборке, чтобы нормализовать средний охват до 250X. Горизонтальная пунктирная линия указывает глубину = 30. Эти два эксперимента были проведены с одной и той же основной смесью ПЦР (за исключением праймеров) и в одном и том же цикле ПЦР в одном и том же термоциклере.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0239403.s002

(PDF)

Благодарности

Во-первых, мы должны отметить огромный вклад ARTIC Network, который разработал оригинальный набор праймеров V1 и сразу же открыл его для сообщества. Мы глубоко благодарим сотрудников карантинной станции за сбор и транспортировку клинических образцов, а также сотрудников Центра исследования вирусов гриппа и Отдела вирусологии III Национального института инфекционных болезней за предоставление клинических образцов, использованных в этом исследовании.

Список литературы

1. 1. Гарди Дж. Л., Ломан, штат Нью-Джерси. На пути к глобальной системе наблюдения за патогенами в режиме реального времени, основанной на геномике. Nat Rev Genet. 2017; 19: 9–20. pmid: 221
2. 2. Хэдфилд Дж., Мегилл С., Белл С.М., Хаддлстон Дж., Поттер Б., Каллендер С. и др. NextStrain: отслеживание эволюции патогенов в реальном времени. Биоинформатика. 2018. pmid: 297
3. 3. Zhu N, Zhang D, Wang W, Li X, Yang B, Song J и др. Новый коронавирус от пациентов с пневмонией в Китае, 2019 год.N Engl J Med. 2020. pmid: 31978945
4. 4. Grubaugh ND, Gangavarapu K, Quick J, Matteson NL, De Jesus JG, Main BJ, et al. Основанная на ампликоне структура секвенирования для точного измерения внутрихозяйственного разнообразия вирусов с использованием PrimalSeq и iVar. Genome Biol. 2019. pmid: 30621750
5. 5. Квик Дж., Грубо Н.Д., Пуллан С.Т., Кларо И.М., Смит А.Д., Гангаварапу К. и др. Метод мультиплексной ПЦР для секвенирования MinION и Illumina геномов вируса Зика и других вирусов непосредственно из клинических образцов.Nat Protoc. 2017; 12: 1261–1266. pmid: 28538739
6. 6. Wu F, Zhao S, Yu B, Chen Y-M, Wang W, Song Z-G и др. Новый коронавирус, связанный с респираторным заболеванием человека в Китае. Природа. 2020. pmid: 32015508
7. 7. Протокол секвенирования Quick J. nCoV-2019. 2020 [цитировано 14 апреля 2020 года], стр. 1-24. https://doi.org/10.17504/protocols.io.bbmuik6w
8. 8. Фер А.Р., Перлман С. Коронавирусы: обзор их репликации и патогенеза. Коронавирусы: методы и протоколы.Springer New York; 2015. С. 1–23. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-2438-7_1 pmid: 25720466
9. 9. Секизука Т., Итокава К., Кагеяма Т., Сайто С., Такаяма И., Асанума Х. и др. Гаплотипические сети инфекций SARS-CoV-2 во время вспышки эпидемии на круизном лайнере Diamond Princess. medRxiv. 2020; 2020.03.23.2004 1970.
10. 10. Джонстон А.Д., Лу Дж., Лин Ру К., Корби Д., Трау М. PrimerROC: точное предсказание димеров, не зависящее от условий, с использованием анализа ROC. Sci Rep.2019. Pmid: 30659212
11. 11.Loman NJ, Quick J. Набор ампликонов hCoV-2019 / nCoV-2019, версия 3. [цитировано 14 апреля 2020 г.]. Доступно: https://artic.network/resources/ncov/ncov-amplicon-v3.pdf
12. 12. Итокава К., Секизука Т., Хашино М., Танака Р., Курода М. Предложение альтернативного праймера для мультиплексной ПЦР ARTIC Network для улучшения охвата секвенированием генома SARS-CoV-2 (версия рукописи 1). bioRxiv. 2020; 2020.03.10.985150.
13. 13. Хо Ким И, Ян И, Пэ И-С, Пак С-Р..Оценка производительности термоциклеров для ПЦР в условиях быстрого цикла. Биотехники. 2008; 44: 495–505. pmid: 18476814
14. 14. Untergasser A, Cutcutache I, Koressaar T., Ye J, Faircloth BC, Remm M, et al. Primer3-новые возможности и интерфейсы. Nucleic Acids Res. 2012. pmid: 22730293
15. 15. Сирато К., Нао Н., Катано Х, Такаяма И., Сайто С., Като Ф и др. Разработка методов генетической диагностики нового коронавируса 2019 г. (nCoV-2019) в Японии.Jpn J Infect Dis. 2020; JJID.2020.061. pmid: 32074516
16. 16. Итокава К., Секизука Т., Хашино М., Танака Р., Курода М. Протокол секвенирования nCoV-2019 для протокола Illumina V1. 8 апреля 2020 г. [цитировано 30 марта 2020 г.].
17. 17. Ли Х, Дурбин Р. Быстрое и точное согласование короткого чтения с преобразованием Барроуза-Уиллера. Биоинформатика. 2009; 25: 1754–1760. pmid: 19451168
18. 18. Ли Х., Хандакер Б., Вайсокер А., Феннелл Т., Руан Дж., Гомер Н. и др. Формат Sequence Alignment / Map и SAMtools.Биоинформатика. 2009. 25: 2078–2079. pmid: 19505943
19. 19. Куинлан А.Р., Холл И.М. BEDTools: гибкий набор утилит для сравнения геномных характеристик. Биоинформатика. 2010; 26: 841–842. pmid: 20110278
20. 20. Хантер JD. Matplotlib: среда 2D-графики. Comput Sci Eng. 2007. pmid: 19526065
21. 21. McCarthy DJ, Chen Y, Smyth GK. Анализ дифференциальной экспрессии в многофакторных экспериментах по РНК-Seq в отношении биологической изменчивости.Nucleic Acids Res. 2012; 40: 4288–4297. pmid: 22287627
22. 22. Робинсон М., Маккарти Д., Чен Ю., Смит Г. К.. edgeR: анализ дифференциальной экспрессии цифровых данных экспрессии генов. 2011; 23: 2887–2887. Доступно: https://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/edgeR/inst/doc/edgeRUsersGuide.pdf
23. 23. R_Development_Core_Team. R: Язык и среда для статистических вычислений. R Found Stat Comput, Вена, Австрия. 2014. Доступно: http: // www.r-project.org

Tiling Array, мозаичные праймеры и зонды, дизайнерские праймеры для мозаичных массивов, амплификация всего генома с мозаичными массивами

Главная >> Продукция >> Конструктор массивов >> Массив мозаики

Конструктор массивов

Амплифицируйте полные геномы с помощью тайлинговых праймеров и зондов с помощью Array Designer

Array Designer может автоматизировать разработку праймеров и зондов для мозаичных массивов.С помощью Array Designer вы можете создавать мозаичные массивы, чтобы определять каждую основу длинной геномной последовательности, избегая повторяющихся областей.

Array Designer поможет вам определить каждое основание целевой последовательности ДНК с помощью опции « Overlapping Amplicon ». Как следует из названия, эта опция выводит праймеры, которые производят перекрывающиеся ампликоны, так что ни одна пара оснований не остается необнаруженной. Другой вариант, доступный для дизайна праймеров, — это вариант « Distinct Amplicon ».Сгенерированные ампликоны могут находиться на расстоянии не более одной пары оснований, в зависимости от выбранной вами чувствительности.

Дизайн грунтовки для мозаичного массива

• Дизайнер массивов проектирует мозаичные массивы, избегая создания праймеров в повторяющихся областях. Эти области замаскированы с помощью «Repeat Masker». Все три варианта вывода (X, N и нижний регистр) распознаются Array Designer.

• Array Designer помогает вам перепроектировать праймеры листов для поврежденных фрагментов, ослабив параметры дизайна.
  

Конструкция датчика для мозаичного массива

• Array Designer проектирует зонды, равномерно распределенные по геному, что облегчает анализ многих важных биологических функций в масштабе всего генома, включая сайты модификации хроматина и сайты метилирования ДНК.

• Array Designer разрабатывает перекрывающиеся зонды, расположенные по всему геному, чтобы покрыть всю интересующую область генома, облегчая анализ в целом.
  

Амплификация всего генома

Тайлинг-массивы по всему геному могут преодолеть многие ограничения предыдущих подходов за счет всестороннего исследования транскрипции во всех областях генома.Полногеномные мозаичные массивы высокой плотности обеспечивают универсальную платформу для геномного анализа с помощью полногеномной амплификации . Тайлинг микрочипов через амплификацию всего генома позволяет вам исследовать другие общегеномные взаимосвязи структуры / функции, включая глобальные исследования сайтов связывания факторов транскрипции, сайтов модификации хроматина, сайтов метилирования ДНК и даже хромосомных источников репликации.

% PDF-1.5 % 1 0 объект >>> эндобдж 2 0 obj > поток 2019-03-14T15: 36: 47-06: 002019-03-14T15: 36: 48-06: 002019-03-14T15: 36: 48-06: 00Adobe InDesign CC 14.0 (Windows) uuid: 3a77ffca-aadf-45ed -a68d-033c786db12bxmp.did: F77F117407206811871FA8F281CE3188xmp.id: 584b74ee-6e9c-6642-ac0c-27edc4df438bproof: pdfxmp.iid: d714cf81-c44f-1841-9e71-2bf78ba9da60xmp.did: 5e25c2a4-61b3-4ea4-9375-2859de21163cxmp.did: F77F117407206811871FA8F281CE3188default

преобразовано из приложения / x-indesign в приложение / pdf Adobe InDesign CC 14.0 (Windows) / 2019-03-14T15: 36: 47-06: 00

application / pdf Adobe PDF Library 15.0 Ложь конечный поток эндобдж 3 0 obj > эндобдж 5 0 объект / LastModified / NumberofPages 1 / OriginalDocumentID / PageUIDList> / PageWidthList >>>>> / Resources> / Font> / ProcSet [/ PDF / Text] / XObject >>> / TrimBox [0.0 0.0 612.0 792.0] / Type / Page >> эндобдж 6 0 объект / LastModified / NumberofPages 1 / OriginalDocumentID / PageUIDList> / PageWidthList >>>>> / Resources> / Font> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageC] / XObject >>> / TrimBox [0.0 0,0 612,0 792,0] / Тип / Страница >> эндобдж 7 0 объект / LastModified / NumberofPages 1 / OriginalDocumentID / PageUIDList> / PageWidthList >>>>> / Resources> / Font> / ProcSet [/ PDF / Text] >> / TrimBox [0.0 0.0 612.0 792.0] / Type / Page >> эндобдж 8 0 объект / LastModified / NumberofPages 1 / OriginalDocumentID / PageUIDList> / PageWidthList >>>>> / Resources> / Font> / ProcSet [/ PDF / Text] >> / TrimBox [0.0 0.0 612.0 792.0] / Type / Page >> эндобдж 9 0 объект / LastModified / NumberofPages 1 / OriginalDocumentID / PageUIDList> / PageWidthList >>>>> / Resources> / Font> / ProcSet [/ PDF / Text] / XObject >>> / TrimBox [0.